По матери он был внуком объединителей Испании — королевы Кастилии Изабеллы и ее супруга арагонского короля Фердинанда, прозванных за твёрдую, как сталь, приверженность католицизму «католическим королями». Инквизиция начала карать даже минимальные отклонения от догматов Веры именно начиная с «католических короля и королевы».
По отцу Фердинанд — внук императора Максимилиана, того самого, который, женившись на Марии, единственной дочери последнего герцога независимой Бургундии Карла Смелого, обрёл огромное, но невероятно беспокойное «бургундское наследство», ярчайшим бриллиантом которого стали «Нижние Земли», иначе называемые Нидерландами.
Имя свое будущий император получил в честь деда Фердинанда Католика, короля арагонского, который, собственно, и построил «империю, над которой не заходит солнце. Фердинанд с юности был в тени амбициозного брата Карла. Брат однажды отнесся с ревностью к тому, что младшего Фердинанда, воспитанного в Испании, любят кастильцы — его, Карла, подданные — и отправил его весной 1518 года в Нидерланды. В любимую Кастилию Фердинанд более не вернулся, судьба его и его потомков теперь безраздельно принадлежала Германии и Австрии.
Когда в 1519 году Карл становится императором, Фердинанд получает права его наместника в Германии, разделенной на огромное количество независимых княжеств.
Фердинанд был свидетелем, как на Церковном Соборе в немецком городе Вормсе монах Мартин Лютер выступил с изложением своих идей о необходимости исправления злоупотреблений в Римской Церкви. Несмотря на то, что большинство к речам учёного монаха отнеслось весьма спокойно, Карл обрушился на того с жесточайшей критикой, обвиняя в раскольнической по отношению к единому христианскому миру деятельности. Своей императорской властью он настоял на запрете публичных выступлений и проповедей Лютера. Фердинанд не мог понять, отчего брат пришёл в такое неистовство, ведь в словах Лютера так много истины!
Фердинанду тогда было 16 лет, а Карлу 19.
В 1521 году Фердинанд женился на Анне Ягеллонке, ее отец Владислав II (из рода польских королей) был одновременно королём Богемии (Чехии) и Венгрии. Эти страны «укатились» из-под скипетра Габсбургов, и женитьба Фердинанда преследовала цель постепенно возвратить их обратно. Одновременно он получил от старшего брата главные их родовые земли — Верхнюю и Нижнюю Австрии, Каринтию и Штирию, а также Крайну (так раньше называли Словению), а чуть позже — Тироль. Ими несколько столетий владели их предки, эрцгерцоги австрийские дома Габсбургов.
В 1536 брак с Анной стал приносить дивиденды — в битве с турками при Мохаче погиб ее бездетный брат Людовик (по венгерски Лайош), король Богемии, Венгрии и Хорватии. Фердинанд предъявил свои законные претензии на эти осиротевшие короны. Но венгры и чехи не признавали наследственности королевского достоинства в своих странах. В октябре 1526 года богемский сейм избрал Фердинанда королем, поставив ему при этом некоторые условия, сеймы же Моравии и Силезии и признали государями по праву наследования одновременно Анну и Фердинанда. В 1531 Фердинанд был также коронован римским королём.
Далее Фердинанду пришлось долго бороться за Венгрию с турками, в ту эпоху Великая Османская империя вела завоевательные войны в Европе, и задача остановить турецкое нашествие в христианскую Европу быстро стала для Фердинанда делом его жизни.
Фердинанд, борьба с турками за Венгрию
Фердинанду противостоял властитель Трансильвании Янош Запольяи, которого в 1526 году недовольные правителем-иноземцем венгерские дворяне в Токайском замке провозгласили королём. В 1527—1528 годах армия Фердинанда вторглась в Венгрию, разбила войска Запольяи и изгнала его из страны в Польшу. Янош Запольяи обратился в 1528 году за помощью к Османской империи.
В 1529 началось вторжение Сулеймана Великолепного в Венгрию. Османские войска выбили силы Габсбургов из страны и восстановили власть Яноша в большей (восточной) части Венгрии. Янош Запольяи в июле 1529 года принес вассальную присягу турецкому султану и был признан им королём Венгрии.
Но самым драматическим моментом в жизни Фердинанда стало появление весной 1529 армии Сулеймана Великолепного у стен Вены! Осада столицы Австрии одними историками рассматривается как проба сил для масштабного вторжения турок в Германию, а другими — просто как желание объединить Венгрию под властью турок. Турки под Веной претерпели огромные лишения, возросло количество дезертиров, и после неудачного штурма Сулейман Великолепный приказал отступить. Фердинанд при помощи войск своего старшего брата императора Карла V удержал под своей властью западную Венгрию.
Фердинанд — арбитр германских земель
Карл V «провёл всю жизнь в седле», двигаясь от одной битвы к другой, его же младший брат Фердинанд управлял реально и каждый день решал сложнейшие задачи. Фердинанд приобрёл бесценный многолетний опыт разрешения тяжелейших споров князей и дворян-католиков и перешедших в лагерь протестантов кюрфюрстов, принцев, герцогов и ландграфов. Когда старший брат силой оружия не достигал полной победы, в дело вступал младший, обладавший умением достигать соглашения в почти безнадёжных случаях.
Главным достижением Фердинанда как правителя стал заключенный в Городе Аугсбурге в 1555 межрелигиозный мир. Им был сформулирован принцип «Чья власть, того и вера». Его старший брат долгое время не хотел признать права протестантских князей определять господствующее вероисповедание в своём государстве. Он верно подозревал, что это будет значить его личное поражение, невозможность сохранение единой христианской Империи и окончательный раскол Германии по религиозному признаку.
Но наступил день, когда даже католики-союзники императора высказались о том, что невозможно бесконечно воевать, надо договариваться! Так наступил личный триумф Фердинанда Габсбурга!
А для его потомков это значило, что власть Габсбургов сохранилась и в той части Германии, которая силой оружия защитила своё протестантское вероисповедание. Аугсбургский мир сохранялся более шести десятилетий.
В 1558 Карл Пятый отрекся от короны Священной Римской Империи, и именно его брат Фердинанд, а не сын Филипп стал его приемником-императором. Так обозначился раскол истории Габсбургов на испанскую и австрийскую части.