Пока федеральные органы преследовали его за активную преступную деятельность, мафиозная Комиссия, главенствующий организационный совет мафии в Америке, выяснила, что Бонанно замышлял «процедить» ряды высшего руководства и стать «Боссом всех боссов».
Джо и его консультанты довольно долго просидели за столиком, несмотря на то что тарелки давно опустели, и покинули заведение уже ближе к полуночи. На улице моросил мелкий, противный дождь, вынудивший всех четверых поднять воротники. Мэлоуни попросил такси отвезти всех в его апартаменты, где компания намеревалась продолжить беседу. В своей автобиографии Джо отметил, что хоть и понимал риск таких ночных прогулок, тем не менее, путешествовал без охраны.
Первым из такси вышел Аллен и опрометью бросился под навес, спасаясь от непогоды. Короткий, но бурный спор о том, кому оплачивать проезд, решился не в пользу Бонанно, и Мэлоуни неспешно присоединился к своему товарищу под навесом. Когда Бонанно вышел, он и не заметил, как из темноты к нему приблизились две фигуры. Его схватили под руки и резко «сопроводили» за угол. Мэлоуни что-то крикнул и бросился на помощь, но выстрел под ноги его отрезвил.
Бонанно подвели к машине и затолкали на заднее сиденье, приказав забиться вниз и «не рыпаться». Автомобиль резко сорвался с места, и вскоре, судя по набранной скорости, босс смекнул, что они выехали на скоростное шоссе. Джо разрешили сесть, после чего перед ним извинились за вынужденную грубость. И тут он признал в сидящем напротив своего кузена Нино Маггадино, брата Стефано Маггадино — босса клана Буффало. Теперь он понял, зачем его похитили. По всей видимости, Маггадино жаждал отмщения за покушение на свою жизнь…
Джозеф Бонанно пришел к власти в 1931-м после убийства сицилийца Сальваторе Маранцано в ходе кровопролитной войны, ставшей поворотным пунктом в формировании
Массерия же, старомодный «Усатый Пит», «правил» при помощи кнута, начисто забывая про пряник. В результате чего однажды, завтракая в своем любимом ресторане на Кони-Айленд, поперхнулся свинцом. И хотя пришедший ему на смену Маранцано был более осмотрительным и дальновидным, для новой гангстерской поросли он ничем не отличался от своего предшественника. Руководивший «чисткой» Лаки Лучиано намеревался избавиться от всех засидевшихся на своих местах «стариков».
Бонанно обладал даром «зашибать деньгу» и нахально расширял свой бизнес. В период его правления семья существенно повысила прибыли от азартных игр, рэкета и сбыта наркотиков. Но подобно киношному «дону Корлеоне», сам Джозеф громогласно осуждал наркоторговлю и отрицал свои связи в этом бизнесе. Факты свидетельствуют об обратном: семья Бонанно являлась крупнейшим поставщиком героина в Нью-Йорке.
С одобрения Стефано Маггадино, главы группировки в Буффало, Джозеф начал работать в Канаде. Он подмял под себя риэлтерский и страховой бизнес в Аризоне, а также сумел втиснуться в Калифорнию, местные боссы которой (презрительно именуемые «Мафией Микки Мауса») не смогли оказать ему должного сопротивления. Вместе с евреем Мейером Лански Бонанно спонсировал кубинские казино и планировал развивать игорный бизнес на Гаити.
В начале 60-х разносторонние амбиции босса стали многих раздражать. Его солдаты ворчали, что Джо окончательно «забил» на Нью-Йорк, отдавая предпочтение операциям в других регионах. Главы остальных семей тоже были недовольны методами Бонанно, однако тот не желал прислушиваться к чужому мнению. Впрочем, многие его резкие высказывания не дошли до адресатов, благодаря контролю со стороны близкого друга и союзника Джо Профачи, тогдашнего босса семьи, которая позднее станет известна как семья Коломбо.
Когда же Профачи умер от рака, сдерживать зарвавшегося Бонанно стало некому, и он на полном серьезе стал метить на высший мафиозный пост. В помощники он взял Джо Мальокко, унаследовавшего пост Профачи. Вместе они планировали устранить всех, кто, по мнению Бонанно, мог помешать ему на пути вверх, включая известных нью-йоркских боссов Карло Гамбино и Томми Луккезе, босса Лос-Анджелеса Фрэнка ДеСимоне и, собственно, кузена Стефано Маггадино.
Напарники поделили мишени поровну, причем Мальокко достались цели в Нью-Йорке. Дело было поручено проверенному человеку — Джо Коломбо. Последний же взвесил все «за и против» и пришел к выводу, что поставил не на тех лошадок, и незамедлительно сдал своих заказчиков Гамбино и Луккезе.
Комиссия приказала Бонанно и Мальокко явиться и объяснить случившееся. Мягкотелый Мальокко сознался в планировании заговора. В качестве наказания он был вынужден сложить полномочия и передать бразды правления наемному убийце Коломбо.
Конечно, Комиссия могла «прижучить» Джо Мальокко и посильнее, но тот и так дышал на ладан, и умер спустя год от болезни. Весь свой гнев члены Комиссии припасли на долю «мозга операции», Джо Бонанно. Однако тот послал всех подальше и отказался показываться на заседании. Разгневанная хамством, Комиссия постановила: Бонанно больше не является главой семьи, а его место займет капо Гаспар ДиГрегорио.
Семья оказалась разбита на два враждующих лагеря, и напряжение на улицах усилилось. Многие желали расквитаться с Бонанно, но первым до него добрался кузен Маггадино, совершивший дерзкое похищение. Маггадино шесть недель удерживал своего родственника в одном из особняков на окраине Нью-Йорка, а затем вывез в Техас.
Джерри Капечи, один из ведущих экспертов по мафии, утверждал, что вся история с похищением была не что иное, как мистификация, дававшая Джо возможность улизнуть от слушаний в суде. Как бы там ни было, этот трюк спровоцировал то, что газетчики позднее окрестили «Банановой войной».
С исчезновением неуловимого босса терпение Комиссии окончательно лопнуло. Смена власти в семье Бонанно была утверждена официально. ДиГрегорио с радостью принял пост, тем более что давно точил на босса зуб, когда ранее ему не досталась должность семейного консильери, которую Джозеф припас для своего сыночка Билла.
От словесных перепалок Билл и ДиГрегорио вскоре перешли к открытой конфронтации. Остальные кланы, глядя на это безобразие, понимали, что Банановая война привлекает ненужное внимание к мафии в целом и может отрицательно сказаться на бизнесе. Войну нужно было прекратить немедленно.
ДиГрегорио организовал полночную встречу с людьми Билла в Бруклине, но искать компромис��, оказывается, и не собирался. Его стрелки прибыли на место первыми и при виде гостей открыли огонь на поражение. Билл Бонанно и его подопечные ответили в адрес невидимых обидчиков тем же. Обе стороны выпустили друг в дружку порядка 100 патронов, но, что удивительно, все остались целы.
Развитие событий подстегнуло Джо Бонанно предложить Комиссии мирные переговоры. Он обещал отказаться от своих претензий и ретироваться в Аризону, если главные посты в семье останутся за его сыном Биллом и шурином Фрэнком Лабруццо. Члены Комиссии, понимая, что подобный расклад фактически оставляет у руля самого Джозефа, вышли с встречным предложением: Джо может убираться к черту в свою Аризону, но командовать парадом будет всё тот же ДиГрегорио.
Война вспыхнула вновь. ДиГрегорио надежд Комиссии не оправдал, ибо никак не мог разобраться с трениями внутри клана. Его пришлось сменить на Пола Скьячча. Но люди Бонанно продолжали вести ожесточенную партизанскую войну, неся потери и методично уничтожая противников.
Кончилось всё тем, что у Бонанно случился инсульт, он улетел в Аризону, уведомив оттуда Комиссию, что уходит из бизнеса. На этот раз всерьез и навсегда. И хотя Комиссия не сразу приняла его слова на веру, постепенно стычки сошли на «нет», семья воссоединилась и Скьячча признали боссом. Позднее на этом посту его сменил Наталь Эвола по кличке «Джо-Бриллиант», а еще позже Филип Растелли.
И Билл, и Джозеф Бонанно успели поделиться своим опытом, написав книги. Подобное занятие было весьма рискованным, ибо шло вразрез с «омертой», кодексом молчания
Агент ФБР Билл Ромер в своей беседе с публицистом Джерри Капечи как-то обмолвился, что всегда считал Джо Бонанно «нытиком» и что он никоим образом не соответствовал своему книжному прототипу.
В 2002 году Джо Бонанно скончался в Таксоне от естественных причин. В возрасте 97 лет.