Данилов монастырь был основан великим князем Даниилом Московским, сыном великого князя Александра Невского. Чтобы не было путаницы, напомню, что братия этого монастыря в 1330 году была переведена в монастырь и храм Спаса-на-Бору, а потом Иван Третий перевел братию уже в Новоспасский монастырь. В результате стали одновременно сосуществовать два монастыря — Новоспасский и Данилов.
Сам Данилов монастырь был освящен во имя Даниила Столпника — общехристианского святого. И Даниил Московский был похоронен в Даниловом монастыре. Существует легенда, что Даниил перед смертью постригся в монахи. Легенд много, в том числе и о его чудесном явлении некоему придворному с обращением к Ивану Грозному, чтобы тот не забрасывал монастырь:
«Рцы великому князю Ивану: се убо сам всячески себе утешаеши, мене же почто забвению предал еси»?
Но великий князь Иван Васильевич ничего не забыл: при нем в Даниловом монастыре был построен первый каменный храм во имя Святых Отцов Семи Вселенских соборов.
Как и Новоспасский, Данилов монастырь в 1591 году успешно отразил нападение крымского хана Казы-Гирея.
Но вот в 1606 году у стен монастыря случилось другое крупное и трагическое событие: сражение армии Ивана Болотникова с армией царя
В 1610 году другой самозванец — Лжедмитрий II, убегая из Москвы, поджег Данилов монастырь. Его отстроили.
Следующее испытание пришлось на Отечественную войну 1812 года — французы монастырь разграбили. Его снова привели в порядок.
После революции Данилов монастырь был закрыт последним — в 1930 году. Монахов расстреляли в 1937 году, а в монастыре был создан приёмник-распределитель НКВД.
Детей расстрелянных (на бутовском полигоне) свозили в детприемник, который находился в Даниловом монастыре. Имелся специальный приказ — разлучать братьев и сестер и даже знакомых между собой детей. В Даниловом монастыре известно место у стены, где были найдены останки множества детей. В детприемнике дети болели, умирали, и их там стали хоронить. На этом месте построена часовня
Мощи святого князя Даниила Московского исчезли, некрополь был разграблен. Но прах наиболее значимых деятелей русской культуры — Гоголя, Перова, Языкова, Н. Рубинштейна — перенесли в другие места. А колокола были спасены удивительным образом: их купил крупный американский промышленник Чарльз Крейн и подарил Гарвардскому университету. В 2003 году колокола звонницы Данилова монастыря начали возвращаться на родину.
Незадолго до своей смерти Л. Брежнев подписал указ о возвращении монастыря церкви. Сначала речь шла о Донском монастыре, затем его заменили на Данилов. Таким образом этот монастырь стал первым из возвращенных, к тому же все происходило еще во времена цветущего застоя. К празднованию 1000-летия крещения Руси в 1988 году монастырь успели привести в порядок. В этом же году монастырь посетил президент США Р. Рейган. А частицу мощей князя Даниила Московского передал в монастырь архиепископ Вашингтонский, митрополит всей Америки Феодосий.
Сейчас в Даниловом монастыре резиденция Патриарха, другие официальные учреждения, действующий мужской монастырь, школы и так далее.