Менделеев провёл и опубликовал фундаментальные исследования по химии, химической технологии, педагогике, физике, минералогии, метрологии, воздухоплаванию, метеорологии, сельскому хозяйству, экономике. Все его работы были тесно связанны с потребностями развития производительных сил в России.
Окончив гимназию в Тобольске в 1849 году, по территориальному признаку Менделеев мог поступать в России только в Казанский университет. Но он так и не стал учеником Н.Н.Зинина. Поскольку Московский и Петербургский университеты для него был закрыты, он поступил в Петербургский педагогический институт на отделение естественных наук физико-математического факультета. И не прогадал. В нём преподавали выдающиеся учёные того времени —
Еще студентом в 1854 году Дмитрий Иванович проводит исследования и пишет статью «Об изоморфизме», где установил отношения между кристаллической формой и химическим составом соединений, а также зависимость свойств элементов от величины их атомных объёмов. В 1856 г. защищает диссертацию «Об удельных объемах», на степень магистра химии и физики. В это время пишет об энантоловосернистой кислоте и о различии реакций замещения, соединения и разложения.
В 1859 г. Менделеев был командирован за границу. В Гейдельберге занимался капиллярностью жидкостей. Открыл в 1860 году «температуру абсолютного кипения жидкостей», или критическую температуру. Вернувшись, в 1861 году издаёт первый русский учебник «Органическая химия». В 1865—1887 годах создал гидратную теорию растворов. Развил идеи о существовании соединений переменного состава. В 1865 г. купил имение Боблово, где проводил исследования по агрохимии и сельскому хозяйству. В 1868 году вместе с Зининым и другими учёными стал основателем Русского физико-химического общества.
В 1869 году Дмитрий Иванович Менделеев совершает величайшее открытие в истории химии — создает знаменитую периодическую систему элементов. В 1871 году выходит его книга «Основы химии» — первое стройное изложение неорганической химии. Над новыми изданиями этой работы Менделеев работал до конца жизни.
В 1871—1875 годы Менделеев изучает свойства упругости и расширения газов, исследует нефтяные углеводороды и вопросы происхождения нефти, о чем пишет несколько работ. Посещает Кавказ. В 1876 году едет в Америку, в Пенсильванию, осматривать американские нефтяные месторождения. Работы Менделеева в плане изучения нефтедобычи имели большое значение для стремительно развивающейся в России нефтяной отрасли промышленности. Результатом одного из модных тогда увлечений стало исследование «О спиритизме».
С 1880 г. он начал интересоваться искусством, особенно русским, собирает художественные коллекции, а в 1894 г. избирается действительным членом Императорской академии художеств. Его портрет рисует Репин. С 1891 г. Менделеев становится редактором химико-технического и фабрично-заводского отдела Энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона и многие из статей пишет сам. В качестве хобби Дмитрий Иванович делал чемоданы и сам себе шил одежду. Менделеев участвовал и в проектировании первого русского ледокола «Ермак».
В 1887 году Менделеев самостоятельно поднимается на воздушном шаре для наблюдения солнечного затмения. Полет был беспрецедентным и стал известен во всём мире. Французская Академия метеорологического воздухоплавания присудила Менделееву диплом «За проявленное мужество при полете для наблюдения солнечного затмения». В 1888 году он по заданию правительства изучал в Донецкой области причины кризиса каменноугольной промышленности. Его работы «Письма о заводах», «Толковый тариф» содержали важные экономические предложения.
В 1890—1895 был консультантом Научно-технической лаборатории Морского министерства. В 1892 организовал производство изобретенного им бездымного пороха.
В 1892 году Менделеев назначается учёным-хранителем Депо образцовых гирь и весов. С 1893 года по его инициативе оно становится Главной палатой мер и весов. Сейчас это ВНИИ метрологии им.
«Я и сам удивляюсь, — писал в конце жизни Менделеев, — чего я только не делывал на своей жизни. И сделано, я думаю, недурно». Он был членом почти всех академий и почетным членом более 100 ученых обществ.
Дмитрий Иванович Менделеев умер 2 февраля 1907 года. Похоронен на «Литераторских мостках» Волкова кладбища в Санкт-Петербурге.