Имея самое прямое отношение к военному делу, осуществляя руководство отливом артиллерийских орудий для обороны Севастополя, вряд ли предполагал он, что не только всерьёз займется сельским хозяйством, но и что агрономия со временем станет главным делом его жизни. Только после окончания Крымской кампании Александр Николаевич попал на службу в Александровский лицей, а затем и в Земледельческий институт. В обоих учебных заведениях Энгельгардт преподавал химию.
На этом жизненном этапе Александр Николаевич стал основателем журнала, который так и назывался: «Химический журнал». Это первое русское издание такого профиля. Редактировал его сам основатель.
Однако ни материальное благополучие, ни научные успехи, ни авторитет в обществе не уберегли Александра Николаевича от участия в обществе «Земля и Воля», возникшем в народе после отмены крепостного права. Будучи деканом, профессором химии, участвовал в студенческих мероприятиях политического характера и был арестован, а позднее и выслан под надзор полиции в имение Батищево.
Так у Энгельгардта против его воли начался новый жизненный этап. У ссыльного учёного была возможность поселиться у богатого родственника в благоустроенной усадьбе, но он выбрал труд на земле.
В Батищево царило запустение. Да ещё и год, когда сюда сослали профессора, выдался неурожайный. «Ничего кроме убытков у вас не выйдет», — в один голос говорили учёному соседи-помещики. Но энергичный профессор взялся за дело.
Свои наблюдения, раздумья, действия и достижения Энгельгардт описывал в статьях и письмах из деревни, которые были опубликованы. Печатались они и у Салтыкова-Щедрина в «Отечественных записках». Вышедшие отдельным тиражом «Письма из деревни» сделали автора известным на весь мир. Таким образом, за талантливым профессором закрепилась слава одарённого литератора и классика-агрария.
Энтузиаст не был в Батищево одиночкой. Нашлись ещё и советчики, и помощники. Начав с ремонта плотины на пруду, он стал осваивать азы сельского хозяйства.
Сельскохозяйственную деятельность Александр Николаевич начал с новаторства: внедрил новые приёмы травосеяния, закупил семена особых сортов, завёл породистый скот, обзавёлся прогрессивной техникой. В хозяйстве появились железные плуги и бороны.
На этом новатор не остановился, решил внедрить и новые культуры. В частности, лён и клевер в Смоленской губернии не выращивал ранее никто.
Первое время все эти новшества воспринимались соседями как причуды нового барина. Но вскоре посевы стали приносить первые доходы, появились и уважение, и признание. Доход имения стремительно рос, легко покрывая расходы. В огороде произрастали не только традиционные для того времени культуры, смелый экспериментатор выращивал диковинные тогда помидоры, шампиньоны, арбузы и дыни. Для выгонки овощей использовались парники, теплицы и другие приспособления, описание которых Энгельгардт встречал в литературе, которую читал в большом количестве.
Несмотря на процветание имения, его владельцу не давало покоя тяжёлое положение крестьян в это время, что заставило его пытаться разрабатывать мирные пути экономических преобразований. Земли, по его мнению, должны быть переданы крестьянам с последующей организацией артельных хозяйств с привлечением так называемых культурных мужиков и образованных людей.
Процветание Батищенского хозяйства объяснялось связью с рынком и превалированием здесь наёмного труда. Владелец прилагал много усилий для установления доверительных отношений. Все разногласия решались максимально справедливо. Так, интуитивно выбрав собственный вектор развития, Александр Николаевич смог, благодаря свежему взгляду и системному подходу, сделать процветающим хозяйство, которое до сих пор было признано заведомо убыточным.