Возмущение императора было искренним и вполне обоснованным. В течение нескольких лет государственный преступник, который должен был содержаться в равелине в условиях исключительной строгости, практически подчинил себе часть тюремных стражников и с их помощью не только поддерживал связь с другими узниками равелина и исполкомом «Народной воли», но и готовил побег.
На суде, который признал 19 жандармов виновными в государственном преступлении, а еще 24 — в несоблюдении особых обязанностей караульной службы, имя таинственного узника не называлось, его обозначали как «арестанта № 5».
Этим таинственным заключенным Алексеевского равелина был скромный учитель приходского училища, он же — анархист и один из руководителей революционной организации «Народная расправа» Сергей Нечаев.
«Народная расправа» была создана в конце 60-х годов XIX века преимущественно из студентов Москвы и Петербурга. Организация стояла на анархистских позициях, близких идеям Бакунина, ее лидеры считали, что «созидать — не наше дело, а других, за нами следующих». Ничего серьезного в политической борьбе, кроме проведения бурных студенческих сходок, на которых обсуждались планы организации «народной мужицкой революции», и распространения прокламаций, нечаевцы совершить не успели. Но по инициативе Нечаева ими был убит заподозренный в измене студент Иванов.
В 1871 году 84 анархиста, почти весь состав организации, оказались на скамье подсудимых. Их обвинили в создании сообщества, ставившего своей целью ниспровержение существующего строя, заочном оскорблении императора и противоправительственной пропаганде. Суд был скор и быстро определил им различные меры наказания, вплоть до 15 лет каторги тем, кто был причастен к убийству. Самого Нечаева на скамье подсудимых не было. Перед началом арестов он успел выехать в Женеву, и его дело выделили в отдельное производство.
Швейцария согласилась выдать Нечаева, но с условием, чтобы его судили не как политического, а как уголовного преступника — соучастника убийства. В конце декабря 1872 г. начался суд, который приговорил организатора «Народной расправы» к 20 годам каторги. Но на каторгу он так и не попал. На жандармское донесение о проведении процедуры гражданской казни Нечаева император наложил резолюцию «…заключить его навсегда в крепость» и жирно подчеркнул слово «навсегда». 28 января 1873 г. за Нечаевым закрылись двери одиночной камеры Алексеевского равелина.
Особенностью содержания в равелине, кроме обычных тюремных строгостей, было то, что узник никогда не встречался с другими заключенными, не имел никакой связи с волей и не знал, где он находится. Первоначально Нечаеву в камеру давали книги и писчие принадлежности. Он мог писать статьи, очерки и даже романы о студенческих кружках и жизни в эмиграции. В 1876 г., после обращения узника к Александру II с письмом, в котором содержались упреки в несоблюдении «императорского слова», данного правительству Швейцарии, Нечаева книг и письменных принадлежностей лишили. Все, что узник успел написать за три года нахождения в одиночке, было уничтожено.
Лишенный письменных принадлежностей узник прибегнул к оригинальному способу протеста, стал выцарапывать обращения к императору на стене камеры, а затем объявил голодовку. В результате ему стали давать некоторые книги, но письменные принадлежности не вернули. И тогда узник решил действовать через стражников.
Инструкции Петропавловки запрещали стражникам любое общение с заключенными, но Нечаев смог установить контакт с часовыми, вызвав их на откровенные беседы. Как ему удалось склонить жандармов к активной помощи — до настоящих дней остается загадкой. Сначала он через них установил сношения с заключенным Мирским, стрелявшим в шефа жандармов Дрентельна, затем с Ширяевым, проходившим по процессу 16-ти террористов. Ширяев сообщил ему адреса революционеров, оставшихся на свободе. Нечаев через стражников наладил с ними переписку и даже стал получать свежие номера «Народной воли». В письмах серьезно обсуждались варианты его побега, но активную подготовку к нему решили временно отложить, так как все силы исполкома «Народной воли» были в этот период направлены на подготовку покушения на Александра II.
Любопытно, но ни один из стражников не оказался предателем, а задействовано их было несколько десятков. Выдал Нечаева его собрат по заключению Мирский, решивший сотрудничеством с комендантом крепости получить послабления в режиме содержания. Разразился громкий скандал, пострадали не только жандармы, сторожившие узника. Смотрителя равелина отправили в ссылку в Архангельскую губернию, а его помощника на 8 месяцев посадили за решетку.
Нечаева перевели в другое помещение, режим его содержания был значительно ужесточен. Через полгода он скончался. Возможно, ему «помогли» уйти из жизни, но это уже из области догадок.
Стоит отметить, что «благодаря» Нечаеву Достоевский написал роман «Бесы», а К. Маркс и Ф. Энгельс, прочитав его статью «Главные основы будущего общественного строя», ввели термин «казарменный коммунизм».