В опричнину отбирали худородных дворян, которые не имели связей в Москве и не знались с боярами. Укомплектованное из незнатных дворян опричное войско должно было стать, по замыслу Ивана IV, надежным орудием в борьбе с князьями и боярами. При зачислении в государев удел каждый опричник клятвенно обещал разоблачать опасные замыслы, грозившие царю, и не молчать обо всем дурном, что он узнает. Служба в опричнине открывала широкие перспективы перед худородными дворянами, одним из которых был Григорий Скуратов-Бельский, получивший прозвище Малюта. Он поставил перед собой цель — выбиться в знатные люди и занять высокий пост при царе. И этой цели он достиг, хотя шел к ней в буквальном смысле по трупам.
С учреждением опричнины в Москве начались кровавые казни. Одними из первых по приказу царя опричные палачи казнили князя Горбатого, его 15-летнего сына и его родственника Головина. Но казнили не всех. У многих князей и бояр просто отбирали земли, а их отправляли в ссылку или постригали в монахи. Только под Казань было отправлено в ссылку примерно 180 человек с семьями и приближенными, из них более половины — князья. Активное участие в казнях, пытках и высылке неугодных царю людей принимал Малюта Скуратов. Царь заметил его усердие, и Малюта возглавил в опричнине сыскное дело.
Быстро расправившись с князьями, царь принялся за боярство и дворян. В Москве стали проводиться суды и новые казни, а многих просто убивали без суда. Во всем этом активно участвовал Скуратов. Под его руководством была совершена расправа над видными московскими боярами Челядниным, Колычевым, Шеиным, Морозовым и многими дворянами, всего погибло около 150 человек. Вместе с ними убили примерно 300 слуг и холопов. Убивали всех, кто осмеливался протестовать против опричнины. Заслуги Скуратова были оценены царем, и с этого момента началось его быстрое возвышение в опричнине.
Боясь за свою жизнь, царь приказал выстроить в Москве возле Кремля опричный замок. Но пробыл в нем недолго. Он покинул столицу и переселился в Александровскую слободу, затерянную среди густых лесов и болот. Подступы к слободе охраняла усиленная стража. Никто не мог проникнуть в царскую резиденцию без специального пропуска. Вместе с Иваном IV в слободе обосновалась вся опричная дума. А для Малюты Скуратова и его подручных оборудовали пыточные подвалы.
О большом доверии царя к Скуратову свидетельствует и то, что именно ему в 1569 году он поручил арестовать своего двоюродного брата князя Владимира Андреевича Старицкого. Особенно отличился Малюта при разгроме Новгорода. Опричная дума приняла решение о походе на Новгород в декабре 1569 г. Царь собрал в Александровской слободе все опричное воинство и объявил ему о «великой измене» новгородцев, не мешкая войска выступили в поход. В этот период Скуратов получил от Ивана Грозного весьма «деликатное» задание — убить низложенного митрополита Филиппа, жившего под Тверью в монастыре. Это поручение Малюта выполнил собственноручно, задушив опального церковного деятеля.
Царь во главе опричного войска 8 января 1570 г. прибыл в Новгород. Руководить «разгромом» города было поручено Малюте Скуратову. Его подручные арестовывали, пытали и убивали знатных новгородцев, а их жен и детей просто топили в реке, сбрасывая в полынью с Волховского моста. Когда покончили с богатыми новгородцами, начали громить посад. Имущество казненных забирали в казну, но многое досталось и простым опричникам. Были разграблены даже церкви и монастыри. Ведущую роль Скуратова в кровавой бойне подтверждает «Синодик опальных», в котором есть запись: «По Малютиной скаске в ноугороцкой посылке отделал тысящу четыреста девяносто человек ручным усечением, и с пищали отделано пятнадцать человек». Всего, как считают историки, в Новгороде погибло более 2 тысяч человек.
После новгородского дела Скуратов стал не только приближенным царя, но и смог подвести под казнь многих руководителей опричнины. Новые опричные руководители были люди хотя и титулованные, но сравнительно молодые, и просто заседали в опричной думе. Подлинными руководителями опричной думы стали палач Малюта Скуратов и его подручные. И это при том, что даже среди незнатных опричников Скуратов выделялся своим худородством. В списках думных дворян опричнины его имя стояло последним. Лишь накануне полной отмены опричнины, когда влияние Малюты на царя стало очень большим, он получил чин дворового воеводы. Ранее такие посты могли занимать исключительно представители родовитой боярской знати.
При помощи Малюты царь продолжал уничтожать тех, кого считал своими врагами. Он не щадил даже своих родственников и служителей церкви. Живший в постоянном страхе перед заговорами, Иван слепо доверял главному сыщику и палачу, видел в нем своего спасителя. Но возвышение Скуратова невозможно объяснить одним только расположением к нему царя, видевшего в душегубе «родственную душу». Высокое назначение было и результатом того, что Малюта способствовал заключению брака царя со своей родственницей Марфой Собакиной, породнившись через этот брак с царской семьей. Среди его дочерей одна вышла замуж за двоюродного брата царя Глинского, другая — за будущего царя Бориса Годунова, а третья за князя Шуйского, брата будущего царя.
Погиб Малюта в ходе Ливонской войны при штурме замка Вейсенштейн (ныне г. Пайде в Эстонии) 1 января 1573. По приказу царя его тело было перевезено в Иосифо-Волоколамский монастырь, но где оно покоится ныне — не известно.
В годы правления Ивана Грозного от опричного террора погибло более 4 тысяч человек. Гибель многих из них на совести царского заплечных дел мастера Малюты Скуратова, имя которого стало на Руси нарицательным.