Для отбытия наказания в монастырях создавались специальные тюрьмы, отношение к узникам которых традиционно не отличалось милосердием, а зачастую было более суровым, чем в обычных острогах. Охрану узников в крупных монастырских тюрьмах осуществляли специальные военные команды.
Зачастую узники попадали в монастырскую тюрьму так и не побывав под судом и следствием. В 1775 г. кошевой Запорожской Сечи Кальнишевский, сечевой судья Головатый и писарь Глоба по ходатайству Потемкина были без суда заточены Екатериной II в монастыри, откуда на свободу уже не вышли. В отношении Кальнишевского «справедливость восторжествовала», он был освобожден из-под стражи глубочайшим 110-летним старцем, но покинуть монастырь уже был не в состоянии.
Монастырских острогов в России было не мало. В 1905 г. исследователь монастырских тюрем
Старейшие и наиболее известные монастырские тюрьмы находились в Соловецком и Спасо-Евфимьевском монастырях. В первый традиционно ссылали опасных государственных преступников, второй первоначально предназначался для содержания душевнобольных и пребывающих в ереси, но затем в него стали направлять и узников, обвиненных в государственных преступлениях.
Отдаленность Соловецкого монастыря от обжитых мест и труднодоступность сделали его идеальным местом заточения. Первоначально казематы располагались в крепостных стенах и башнях монастыря. Зачастую это были клетушки без окон, в них можно было стоять, согнувшись, или лежать на коротком топчане, поджав ноги. Интересно, что в 1786 г. архимандрит монастыря, где содержалось 16 узников (из них 15 — пожизненно), не знал о причине заключения семи. Указ о заключении таких лиц обычно был лаконичен — «за немаловажную вину к содержанию до кончины живота».
Среди узников монастыря были и священники, обвиненные в пьянстве и богохульстве, и различные сектанты, и бывшие офицеры, которые во хмелю нелестно отозвались о нравственных качествах очередной императрицы, и крупные сановники, замышлявшие государственный переворот, и «правдоискатели», написавшие жалобы на представителей власти. Пять лет по неизвестному обвинению провел в этой тюрьме французский дворянин де Турнель. Самый юный заключенный попал в тюрьму в 11-летнем возрасте по обвинению в убийстве, в заключении ему пришлось провести 15 лет.
Режим в монастырской тюрьме отличался крайней жестокостью. Власть игумена не только над узниками, но и над охранявшими их солдатами была практически бесконтрольна. В 1835 г. жалобы узников «просочились» за монастырские стены, на Соловки приехала ревизия, возглавляемая жандармским полковником Озерецковским. Даже жандарм, повидавший на своем веку всякого, вынужден был признать, что «многие арестанты несут наказания, весьма превышающие меры вины их». В результате ревизии трое узников были освобождены, 15 отправлены на военную службу, двое переведены из камер в кельи, один принят в послушники, а ослепший заключенный отправлен на «материк» в больницу.
Но и после ревизии режим в тюрьме не был облегчен. Узников кормили скудно, им запрещали всякую связь с волей, не давали письменных принадлежностей и книг, кроме религиозных, а за нарушения правил поведения подвергали телесным наказаниям или сажали на цепь. Особенно жестоко обращались с теми, чьи религиозные убеждения не совпадали с официальным православием. Даже искреннее раскаяние и переход в православие таких узников не гарантировали им выход на свободу. Отдельные «пребывающие в ереси» узники проводили в этой тюрьме всю сознательную жизнь. Так, крестьянин Антон Дмитриев за самооскопление был заключен в монастырь в 1818 г. и провел в одиночной камере 62 года.
Немало известных лиц «прошло» через казематы Спасо-Евфимьевского монастыря. В тюремной келье закончился жизненный путь декабриста князя Шаховского и монаха-прорицателя Авеля. Даже в конце XIX века в монастырскую тюрьму заключали без решения суда, зачастую по надуманным обвинениям. Так, крестьянина Федосеева Синод отправил в монастырь за то, что он «жил в пещере и своей лицемерной праведностью привлекал к себе массы простого народа». Истинно верующий житель Архангельска Василий Рахов, активно занимавшийся благотворительностью и открывший для бедных детский приют и две столовые, местным духовенством, почувствовавшим в нем конкурента, был обвинен в штундизме. Дело дошло до суда, но светский суд Рахова оправдал. Тогда по утвержденному императором ходатайству Синода его отправили для заключения в монастырь. На свободу несчастный узник вышел только в 1902 г., проведя в заключении 7 лет.
Во второй половине XIX века монастыри все реже стали использоваться как места заключения. Последние узники Соловецкой тюрьмы, сектанты Давыдов и Леонтьев, в 1883 г. были переведены для проживания в монастырские кельи. В 1885 г. была упразднена караульная команда, и тюрьма окончательно прекратила свое существование. В 1903 г. в здании тюрьмы была оборудована больница. Дольше просуществовала Спасо-Евфимьевская монастырская тюрьма, последний заключенный которой, старообрядец Федор Ковалев, был освобожден 2 марта 1905 г.