В годы царствования Федора Иоанновича в результате острой борьбы, унесшей не один десяток жизней, Годунов смог стать соправителем государства, принимающим решения от имени самодержца, и заручиться поддержкой Православной церкви, организовав избрание на Руси патриарха.
6 января 1598 года скончался царь Федор. Борьба за власть вступила в решающую фазу, в ход пошли все меры: интриги и подкуп, подлоги и фальсификации, угрозы и слухи… Сначала Борис попытался посадить на трон свою сестру, царскую вдову Ирину, но под давлением толпы (бояре организовали народные волнения), она отказалась от власти в пользу Боярской думы. Дума сразу же попыталась собрать Земский собор. Но попасть на Собор могли только москвичи — по приказу Годунова все дороги к столице были перекрыты. Вдобавок, в Думе развернулась острая борьба между сторонниками претендентов на престол. Годунов в их число не входил и вынужден был укрыться в Новодевичьем монастыре, где уже жила его сестра. Столица впервые стала ареной острой предвыборной борьбы, первый этап которой Годунов проиграл. Только противоречия в Думе, куда Борис заранее провел своих родственников и сторонников, не позволили боярам лишить его поста правителя.
Теперь все предвыборные хлопоты берет на себя преданный Годунову патриарх Иов. В феврале он собрал Земский собор, на который пригласили верных ему духовных лиц и сторонников правителя. На Соборе была зачитана «хартия», в которой ярко описывалась биография претендента и умело обосновывались его притязания на престол. Эту хартию можно считать первым агитационным предвыборным документом в России.
Земский собор принял решение об избрании Годунова на царство и решил провести шествие к Новодевичьему монастырю и «всем единогласно с великим воплем и неутешным плачем» просить Годунова принять царство. Следовало торопиться. Боярская дума, не сумев выдвинуть единого кандидата на престол, стала уговаривать народ присягнуть Думе и учредить боярское правление.
20 февраля патриарх организовал шествие к монастырю. В этой ситуации Годунов сделал рискованный, но продуманный ход, — он отказался принять престол. Правитель правильно рассчитал, что дальнейшие уговоры, которые умело организует Иов, создадут благоприятный общественный резонанс.
Иов Годунова не подвел. Уже вечером в Москве зазвонили колокола, открылись все церкви. За кого всю ночь агитировали духовные пастыри — сомневаться не приходится. Утром к Новодевичьему монастырю двинулся крестный ход, сопровождаемый толпой народа. Видимость всенародной поддержки была достигнута. Поотказывавшись для виду, Годунов согласился принять царский венец.
Формально избранный на царство, он не спешил в Москву. По традиции решение Собора должно быть утверждено Боярской думой. Но Дума делать этого не собиралась, а сломить ее сопротивление сторонники Годунова пока не могли.
Без думского утверждения Годунов 26 февраля торжественно въехал в Москву. В Успенском соборе Кремля Иов вторично благословил его на царство. Думцы на торжества не прибыли, так как не считали Годунова законно избранным царем, и ему пришлось вернуться в монастырь.
Иов нашел выход из положения. В начале марта он собрал новый Земский собор, на котором решили провести всеобщую присягу на верность царю, причем проводить ее надлежало в храмах. В провинцию отправились представители Годунова, которые кроме текста присяги везли денежное жалование дворянам (весомый «аргумент»).
Ожидая результатов присяги, Годунов в Кремль не перебирался, и Иов снова организовал шествие в монастырь. Теперь Годунова уговаривают сесть «на своем государстве». Он опять отнекивается. И тогда инокиня Александра (постриженная царица!) издает указ, которым повелевает брату короноваться на царство. Так был создан прецедент — замена законодательного решения (приговора Дума) именным указом, юридически крайне сомнительным.
Годунов опять торжественно въехал в Москву, но короноваться не спешил. Предстояло самое трудное — сломить сопротивление думцев, которые перед угрозой коронации Бориса объединились и избрали на царство крещеного татарского хана Симеона Бекбулатовича.
Не рискнув вступать в открытую конфронтацию, Годунов нашел способ привести боярство к покорности. На южных рубежах «внезапно» возникла военная опасность, и Борис возглавил поход против крымских татар, которые в этот год о походе на Русь и не помышляли. В апреле стали собирать полки. Бояре, чтобы не быть обвиненными в измене, были вынуждены занять воеводские должности. Как водится, возникли местнические споры, которые Годунов разрешал, оказывая боярам всяческие знаки уважения и внимания. Помогла и заграница, английская королева прислала ему поздравление с избранием на престол, а крымский хан отправил к нему, как к законному царю, послов договариваться о мире.
Через два месяца было объявлено, что противник «убояша». Полки распустили, а Годунов торжественно вернулся в Москву. О Симеоне к этому времени подзабыли, и теперь можно было попытаться привести думцев к покорности. Во второй половине лета Москва снова «целовала крест» царю, причем делалось это не в Думе, а опять в церкви, под контролем Иова. Присягнули новому царю и многие из бояр, чем устранили формальные препятствия для проведения коронации.
1 сентября в Новодевичий монастырь отправилось торжественное шествие. Теперь в нем участвовали и представители Думы. В этот раз долго уговаривать Годунова не пришлось; он милостиво согласился короноваться «по древнему обычаю». Через два дня Борис Годунов был наконец-то увенчан царским венцом. Чтобы не возникало сомнений в законности этого события, был созван новый Земский собор, члены которого (в том числе и бывшие противники Годунова) задним числом подписали новую утвержденную грамоту.
Длительный период борьбы Годунова за власть успешно завершился. Самый ответственный его этап — непосредственную борьбу за царскую корону, Годунов сумел пройти практически без пролития крови, не создавая серьезных общественных потрясений в стране. К сожалению, его царствование, начавшееся так мирно, вскоре переросло в «смутное время».