Его начальное образование — учеба у отца, Франческо Мартинеса Яго (1814−1895), художника. Судя по тому, что в 19 лет он впервые выставил свою картину «Крестьянские танцы» на Национальной выставке изящных искусств (это случилось в 1864 году, выставка была учреждена королевой Изабеллой в 1853 году и проводится ежегодно с 1856 года), его обучение прошло очень и очень успешно. Он продолжал участвовать в выставках до 1889 года и показал на них в общей сложности около семидесяти полотен.
Его картины пользовались спросом у мадридской знати. Пожалуй, самая драматичная его картина — «Гусман Добрый». Полотно отражает эпизод 1296 года: оборона замка Тарифа от мавров. Мятежный инфант Хуан выступил против войск короля, осадил замок и грозил убить сына Гусмана, если Гусман не прекратит сопротивление. (Почему сын Гусмана оказался в плену инфанта — неясно. Вероятно, отец отдал мальчика брату короля на воспитание в то время, когда инфант еще не поднял бунт.) Гусман отказался и сбросил с крепостной стены нож, которым мятежник перерезал горло мальчика. Мавры в ужасе от поступка Хуана бежали от замка.
На картине показан драматический момент: Добрый Гусман принял решение сохранить верность своему королю, продолжить оборону крепости ценой жизни сына, он бросает вниз кинжал. И его не может остановить мольба его жены, стоящей перед ним на коленях и рыдающей от горя.
Художник проявил себя и как выдающийся реставратор: эту должность он исполнял в музее Прадо (Мадрид, Испания) в течение двадцати шести лет. Под его руками засияли прежними красками работы Эль Греко и Мурильо.
Сальвадор Мартинес Кубелис был награжден Большим Крестом ордена Изабеллы Католической, орденом Карлоса III, был академиком Академии изящных искусств Сан Фернандо, профессором Школы искусств в Мадриде. Он также создал школу реставраторов, которую опекал до самой смерти. Его сын Энрике тоже стал художником.
Самой значительной работой Кубелиса был перенос фресок Гойи со стен «Дома глухого» на холст. Франсиско де Гойя купил этот дом в 1819 году. В 1819—1823 годах Гойя написал на стенах дома четырнадцать фресок, которые получили название «Черные картины».
Фрески растрескались, местами были вымазаны штукатурным раствором, и вначале Кубелис восстановил их настолько, насколько это было возможно. Затем начался перенос фресок на холст, для чего Кубелис воспользовался фотографиями, сделанными французским фотографом Жаном Ларе.
Работа двигалась очень медленно. Хозяин дома барон Эмиль д’Эрлангер предполагал представить фрески на выставке 1878 года, но к концу 1875 года были готовы только четыре из четырнадцати картин. В итоге по окончании фантастически сложного труда барон передал все фрески испанскому правительству.
Сегодня фрески Франсиско де Гойя из «Дома глухого», восстановленные Сальвадором Мартинесом Кубелисом, можно увидеть в Прадо, в Мадриде.