Самой большой премии Рудольфа Вайгля удостоил город Львов — 10 тысяч злотых. Большая часть этой премии была потрачена ученым на покупку нового оборудования для лаборатории. Личные приобретения были невелики: хорошая шуба жене и шведский спиннинг самому лауреату, который был заядлым рыболовом.
Но мирной жизни пришел конец. В 1939 году началась Вторая мировая война. Львов вместе со всей Западной Украиной «въехал» в состав Советского Союза. Институт Вайгля работал по-прежнему. Вакцина против сыпного тифа начала поступать в Красную Армию. Рудольф Вайгль ездил с докладами в Киев, Харьков, Ленинград и Москву. Хрущев, который тогда курировал Украину, обещал ученому звание академика.
К счастью, и этот воз с подарками проехал мимо. 29 июня 1941 года в город вступили немецкие войска. Казалось бы, взошла звезда профессора Рудольфа Вайгля. Как немец по рождению, он мог официально возглавить институт, который — ни у кого не было в этом сомнения — нужен был и Рейху, и его армии. Но Вайгль не подсуетился, не заполнил необходимые документы и не стал «рейхсдойче», так сказать, «немцем в законе». Он предпочел, чтобы пост директора института занял другой человек. За Вайглем же оставался статус научного руководителя с возможностью решения кадровых вопросов.
Этой возможностью Вайгль воспользовался немедленно. Количество доноров для кормления тифозных вшей резко возросло. В их числе были ученые Львовского университета с мировыми именами: математик Стефан Банах, психолог Ян Кройц, географ Евгений Ромер. Это было спасение польской интеллигенции от уничтожения.
«Уничтожение» — не фигура речи, а реальное убийство. Едва немецкие войска вошли во Львов, здесь были расстреляны 28 польских профессоров. Институт Вайгля был для уцелевших от репрессий львовских поляков реальным прикрытием и единственным способом заработать на жизнь. Донорам давали карточки и деньги. А самое главное, у доноров было удостоверение сотрудников института, принадлежащего немецкой армии.
Вайгль помогал уцелеть и евреям тоже. От советских времен в институте осталась партия в 30 тысяч доз. Маркировка ампул была на русском языке. Этими неучтенными вакцинами снабжались больницы во Львовском и Варшавском гетто.
У Рудольфа Вайгля было право мобилизовать на работу в институте тифа «полезных» евреев, оправдывая это тем, что без таких работников важнейшее производство вакцины против сыпного тифа остановится. Таким образом он приютил под крышей своего института многих еврейских коллег.
Пытался он спасти также микробиолога Филиппа Айзенберга, под руководством которого работал в дни Первой мировой войны и с которым начал борьбу с сыпным тифом. Айзенберг в то время жил и работал в Кракове. На приглашение Вайгля приехать во Львов он ответил отказом, надеясь спрятаться в родном городе. Но профессора выследили, арестовали и отправили в лагерь смерти Белжец, где он и погиб.
Уходя от наступающих советских войск, немцы в 1944 году эвакуировали институт Вайгля на территорию Польши. Когда Красная Армия вошла в Польшу, институт закрыли. В 1945 году Рудольф Вайгль переехал в Краков и стал заведовать кафедрой в Институте общей микробиологии Ягеллонского университета. В Кракове началось производство противотифозной
Но «своим» в новой Польше профессор Рудольф Вайгль не стал. В 1948 году его в очередной (и в последний) раз номинировали на Нобелевскую премию. На этот раз присуждению премии помешали польские коммунистические власти. Они направили в Нобелевский комитет письмо, в котором Вайгля обвиняли в сотрудничестве с гитлеровцами. Формально таковое сотрудничество имело место, и Нобелевский комитет, в который раз, решил премию создателю вакцины против сыпного тифа не присуждать.
Через некоторое время Вайгля отстранили от работы в микробиологическом институте и перевели преподавателем на кафедру биологии Медицинского университета в Познани. Это был закат жизни. Вайгль вышел на пенсию, поселился в городе Закопане и вскоре там скончался — история ученого закончилась.
О его заслугах в спасении множества людей в военное время в коммунистической Польше старались не вспоминать по многим причинам. В том числе и потому, что вакцина из института Вайгля уходила и к польским партизанам антисоветской Армии Крайовой. Опять же, спасенные им польские ученые числились у тогдашнего руководства ненадежными буржуазными специалистами. Каковыми, честно говоря, они и были. Спасение евреев из гетто тоже было темой не популярной. О Холокосте старались не говорить. Не было, и все.
Оказалось, что было. Гуманный подвиг Рудольфа Вайгля был признан. В 2003 году израильский институт «Яд ваШем», который занимается исследованием и увековечиванием памяти Холокоста, присудил Рудольфу Вайглю звание «Праведник народов мира». Это звание присуждается тем, кто в годы Второй мировой войны, рискуя жизнью, спасал от уничтожения европейскийх евреев. Диплом и медаль были вручены внучке Вайгля — Кристине Вайгль-Альберт.