После заключения перемирия индийский военачальник выдал изменников португальцам, и те были подвергнуты чудовищным пыткам. Лопес выжил и собирался вернуться обратно на родину, но во время стоянки на острове Св. Елены сбежал с корабля. Несмотря на своё уродство, отшельник не только приспособился к одинокой жизни на острове, но и начал заниматься выращиванием полезных растений, которыми снабжал приходящие корабли, и разводил домашних животных.
Фернао Лопес, до тех пор пока Альбукерке не умер, по-видимому, жил в Гоа, добывая средства на жизнь нищенством. После смерти конкистадора он сел на корабль, идущий в Лиссабон, а когда судно зашло на остров Св. Елены, чтобы запастись свежей водой, воспользовавшись случаем, убежал с корабля и спрятался на острове, возможно, не желая, чтобы оставшаяся в Португалии семья могла видеть его в таком страшном обличье. Когда было обнаружено, что он исчез, команда пустилась на его поиски, но так и не нашла; ему оставили галеты, несколько кусков мяса, сушеную рыбу, соль, предметы для разжигания огня и старую одежду, которую пожертвовал кто-то из моряков. Корабль отчалил, оставив письмо, в котором Лопесу советовали подать сигнал, если прибудет какой-нибудь португальский корабль, и выйти к прибывшим на нём людям, чтобы они могли дать ему то, в чём он нуждается.
Когда корабль ушёл, Фернао Лопес вышел из укрытия и взял то, что ему оставили; он принёс несколько камней, которые поставил один на другой, и поверх них зажёг огонь, который увидели с корабля и просигналили в ответ. Несмотря на свои увечья, с четырьмя пальцами на левой руке и обрубком на месте правой, он обустроил себе убежище на берегу реки, выдолбив его изнутри, и, забираясь в него, спал в своей пещере, закрыв вход дроком. Он нашёл свежие побеги, которые оказались пригодными для еды, и варил в двух горшках, которые ему оставили. И так он жил до следующего года, когда пришёл корабль, при виде которого он спрятался, наблюдая за происходящим из укрытия.
Высадившиеся моряки случайно нашли его убежище, постель и солому, на которой он спал, и бочонок, в котором отшельник хранил оставленные ему галеты, горшки и угли костра. Они сначала решили, что эти вещи принадлежат негру, убежавшему с какого-то корабля, но по одежде вскоре поняли, что всё это принадлежит португальцу. Перед тем как отплыть, ему оставили галеты, сыр и другую пищу и письмо, в котором его просили не прятаться, когда придёт следующий корабль, обещая, что с ним просто хотят поговорить и не собираются причинять никакого вреда.
Когда корабль отплывал, с палубы в море упал петух. Волны вынесли его на берег, где его и обнаружил Лопес. Отшельник спас петуха и накормил, и тот так привязался к Лопесу, что куда бы он ни шёл, всюду следовал за ним, и даже ночевал в его убежище. Постепенно он стал совсем ручным, и когда бы отшельник ни позвал его, тотчас прибегал к нему.
Лишь через несколько лет Лопес, наконец, начал выходить из своего убежища и разговаривать с людьми, которые приплывали на остров. Ему привозили семена полезных растений и саженцы, и он выращивал гранаты, тыквы и другие овощи, разводил птиц, поросят и коз, которые приносили много козлят, и расчищал лес, чтобы вести сельское хозяйство.
Как пишет Корреа, этот человек жил удивительной жизнью на удалённом острове многие годы, пока сам король не услышал о нём и не пожелал видеть его; король велел передать Лопесу, что он может, если захочет, возвратиться в Португалию. Тот дал согласие и вернулся на корабле домой; но его боязнь людей была так велика, что он скрывался в доме капитана корабля, который привёз его, пока не стемнело, и только тогда пошёл на встречу с королем и королевой.
Монархи обещали Лопесу вознаграждение и предлагали устроить спокойную жизнь в монастыре, но тот отказался. Единственное, что отшельник принял с благодарностью, было разрешение короля совершить поездку в Рим, чтобы исповедаться лично у папы; увидев его, папа был поражён. По просьбе Лопеса на имя короля было отправлено письмо с просьбой, чтобы ему помогли вернуться обратно на остров и разрешили снова жить там; тот не имел ничего против.
Вернувшись на остров, Лопес провел там ещё десять лет, по-прежнему прячась от людей. Вместе с ним на Св. Елене какое-то время жил мальчик-полукровка, по-видимому, уроженец Явы, сбежавший с какого-то корабля. Именно этот мальчик и открыл морякам место, где прятался Фернао Лопес. Когда тот увидел, что его убежище найдено, он начал плакать и причитать, решив, что его заставят сесть на корабль; но капитан Гомес успокоил его, уверяя что никто не будет делать этого против его воли. Моряки дали Лопесу массу полезных вещей, хотя он и уверял, что не нуждается в них и просил вместо этого забрать с собой мальчика. Капитан сделал, как тот просил, взяв с отшельника обещание, что он больше не будет прятаться от людей.
Впрочем, другой историк — Жоао де Баро, пишет, что мальчик не сбежал с корабля, а был оставлен в помощь отшельнику одним из капитанов; о его дальнейшей судьбе автор умалчивает. Чтобы успокоить Лопеса, Гомес оставил письмо, адресованное всем капитанам заходящих на остров судов, в котором просил не принуждать Лопеса к возвращению в Португалию против его воли, потому что он прятался из-за боязни, что его заставят вернуться; он также поклялся отшельнику, что его никогда не заберут с острова, если только он сам этого не захочет.
Так Фернао Лопес обрёл безопасность и никогда больше не прятался от людей, пишет Корреа, и с этого времени говорил со всеми, рассказывая историю про то, что родился и вырос на острове. Он жил, наслаждаясь покоем и одиночеством, и умер в 1546 году, прожив на острове без малого 30 лет. Жоао де Баро пишет о том, что команды судов, из-за цинги и других болезней часто прибывавшие на остров в плачевном состоянии, были благодарны Лопесу за то, что он снабжал их свежим мясом, овощами и фруктами и помог спасти жизни многих моряков.