Орден основывался для помощи паломникам в Святую Землю, для чего госпитальеры открывали так называемые «госпитали» — лечебницы, где странник мог получить медицинскую помощь, кров, еду и по необходимости вооруженное сопровождение.
Госпитали-приюты существовали намного ранее и находились в ведении монахов бенедиктинцев, однако госпитальеры отделились от монахов ордена св. Бенедикта и основали свой орден, основанный на обетах целомудрия, бедности и послушания.
5 февраля 1113 г. Папа Пасхалий II одобрил устав госпитальеров, но сначала это был не орден, а Братство. Когда стало ясно, что помощь пилигримам, подвергавшимся нападениям мусульман и просто грабителей, невозможна без военного вмешательства, организация стала военно-религиозной.
В помощи рыцарей-монахов нуждались короли Иерусалима и доверяли им, как и тамплиерам, охрану важных форпостов: в 1136 г. иоанниты получили крепость Бертгемлин, прикрывающий Аскалон, а уже к 1144 г. в руках госпитальеров находилось около 50-ти крепостей, включая Крак де Шевалье и Маргат (графство Триполи).
Участвуя почти во всех крестовых походах и битвах с сарацинами, госпитальеры вносят ощутимый вклад в те, которые закончились победами. Вместе с тем, успех не всегда сопутствовал госпитальерам: в битве при Хаттине рыцари-монахи в составе войска христиан терпят сокрушительное поражение Саладдину; в 1244 г. под Газой Великий Магистр и многие рыцари попали в плен. Постоянная вражда госпитальеров и тамплиеров не способствовала укреплению положения крестоносцев в Палестине.
Надо отдать им должное: госпитальеры поступали почти всегда взвешенно и обдуманно, не руководствуясь спесью и гордыней, как этим часто грешили храмовники, что стало одной из причин падения королевства крестоносцев, как и самого Ордена Тамплиеров. Если верить историческим источникам, иоанниты, несмотря на заметное влияние на политику, все же не забывали, зачем их орден создан: при осаде Акры мусульманами в 1291 г., куда была перенесена резиденция ордена после падения Иерусалима, рыцари мужественно прикрывали отход горожан из города, а раненый магистр взошел на борт спасительного корабля последним.
После полного изгнания крестоносцев с Востока, госпитальеры перенесли свою резиденцию на остров Родос, где им не раз пришлось отражать атаки мусульман. В 1522 г. султан Османской империи Сулейман Великолепный осадил Родос, с ним прибыло около 200 тыс. воинов, в то время как на острове было всего несколько тысяч рыцарей-монахов. Оставшимся в живых после шестимесячной осады иоаннитам султан великодушно разрешил уйти на Сицилию.
Пробыв несколько лет на острове Кипр, в 1530 г. госпитальеры обосновались на Мальте. Остров был подарен рыцарям императором Священной Римской империи Карлом V. Сулейман послал и туда войско в 40 000 чел., однако османы не смогли овладеть крепостью. Госпитальеры ценой нечеловеческих усилий, численностью меньше десятка тысяч человек сумели выдержать осаду. К тому времени как турки сняли осаду и ушли, госпитальеров насчитывалось всего несколько сотен. Знай об этом турецкие военачальники — вряд ли они бы сняли осаду.
Примерно в начале XIV в., в связи с тем, что желающие вступить в орден стали прибывать из разных стран, в ордене формируются семь языковых групп — Лангов, позже их стало восемь.
После роспуска Ордена Тамплиеров госпитальерам была передана в собственность некоторая часть их владений, что укрепило их влияние, но не улучшило финансового положения. Госпитальеры после ухода из Палестины постоянно нуждались в средствах. Встал вопрос о целесообразности их существования: первоначальная причина создания ордена исчезла, пилигримов они не могли охранять, так как мусульмане окончательно изгнали крестоносцев с Востока.
Пираты, хозяйничающие в Средиземном море с молчаливого одобрения османского султана, причиняли много бед христианским мореплавателям, торговцам и просто путешественникам. Рыцари Святого Иоанна Крестителя решили бороться с ними, определив для себя новый смысл существования ордена.
Тем не менее, несмотря на некоторые успехи на море, в частности — в битве при Лепанто, в ордене заметно стал падать боевой, а главное, религиозный настрой. Страдала и нравственная сторона. Некоторые госпитальеры даже женились, презрев один из главных обетов.
Многие рыцари и вовсе стали наемниками, некоторые — даже пиратами. Сохранилось много жалоб на противозаконные действия госпитальеров, якобы от имени властей проверявших суда, а на деле они частенько просто конфисковывали разный товар. Все — от нехватки денег и общей идеологии. Спад религиозных настроений в Европе в конце XVII в. тому сильно поспособствовал.
Обустроив на Мальте столицу — Валлетту, названную в честь Великого Магистра Ла Валлетта, госпитальеры стали все чаще именоваться мальтийскими рыцарями, позже уже все знали их как Мальтийский Орден. Постепенно мальтийские рыцари теряли свои владения в Европе, в Англии — из-за протестантского направления, после Великой Французской революции орден упразднили и во Франции.
В 1798 г. Мальта была захвачена войсками Наполеона. Российский император Павел I предоставил убежище многим рыцарям и впоследствии стал даже Великим Магистром ордена, тем самым открыв вход в ряды госпитальеров всем христианам, а не только католикам, как было изначально, при создании ордена.
Во время I и II Мировых войн рыцари совершали крупномасштабные медицинские и благотворительные операции. За последние годы гуманитарная деятельность была проведена мальтийскими рыцарями в Косово и Македонии, Юго-Восточной Азии, Пакистане и Индии, Афганистане, Мексике, Конго, Грузии и др. странах.
В настоящее время Мальтийский Орден обосновался в Риме. Их деятельность сводится в основном к историческим реконструкциям и восстановлению разных традиций и обрядов ордена в прошлом. Члены Мальтийского Ордена и сегодня являются рыцарями, хотя вступить в него может человек и незнатного происхождения. И по-прежнему во главе ордена — Великий Магистр.
Рыцари считают свою организацию государством, но скорее это государствоподобное образование, имеющее дипломатические отношения с 104 странами, имеет статус постоянного наблюдателя в ООН. На их территории орден выдает паспорта и печатает собственную валюту, что само по себе является признаками, присущими государству. Но суверенитет ордена рассматривается как дипломатическая миссия. В некоторых официальных источниках указывается, что Мальтийский орден — самое маленькое государство. Полное название сегодня — Суверенный Военный Орден Госпитальеров Св. Иоанна Иерусалимского Родоса и Мальты.