Возможно, царь хорошо помнил о столкновении между своим отцом и Никоном. И действовал с целью устранить сам источник возможной конфронтации. Затем был учрежден Синод. Хотя состоял он из церковных иерархов, выбирались они царем, а надзирал за ними светский чин — обер-прокурор, обязанностью которого было советовать членам Синода менять «неверные» решения, а при невыполнении «совета» докладывать лично императору. Финансы за вычетом налогов пока оставались в распоряжении Синода.
В связи с необходимостью подсчета денежного содержания клира проведено упорядочивание штатов. В частности, учет числа священников и приведение их в соответствие с числом приходов. «Лишних» служителей предполагалось забирать на военную службу или переводить в податное сословие.
В период «бабьего царства» церкви периодически удавалось отбивать позиции, но в целом ее зависимость от светской власти лишь углублялась. Екатерина I заявила о намерении «ради блага самой церкви» избавить ее от, так сказать, финансовых забот — то есть максимально устранить церковников от управления имуществом. На практике это было началом замышляемой еще московскими государями секуляризации церковных имуществ. Пока церковь была сильной, светские власти на это не решались. Екатерина I разделила Синод на два апартамента. Один состоял из архиереев и занимался собственно духовными вопросами. Второй, вскоре вовсе переведенный в подчинение Сената и состоявший из светских чиновников, ведал делами материальными. При Анне Иоанновне накопившиеся за церковью недоимки (образовавшиеся, как только контроль государства ослаб в связи с общим бардаком в стране) взимались уже силовыми мерами, при помощи военных.
Позже Синод добился возврата к петровской системе распределения доходов. Снова стали расти налоговые долги церкви, которой удавалось эффективно сопротивляться надзирающим органам. Но это длилось недолго. И вызвало в качестве закономерной реакции затягивание гаек. Петр III назначал в церковные вотчины светских управляющих. Екатерина II провела уже фактическую секуляризацию, четко установив церковные штаты и выделяя средства строго на их содержание. Фактически церковников перевели с кормлений на установленные государством денежные оклады (это пытались сделать и раньше, но как обычно, на практике дело оказалось не таким простым). Сверх того церкви выделялись средства на помощь инвалидам, пенсии вдовам и содержание сирот.
Все! Церковь лишили доходов и возможности распоряжаться средствами от принадлежавших ей земель… Почти миллион крестьян были переведены в государственные. Тем самым подрывалась сама основа экономического могущества церкви.
В конце 18 века состоялась и реформа территориального деления. До того границы епархий не совпадали с границами губерний. Приведение их в соответствие облегчило взаимодействие губернских епархиальных властей, а фактически способствовало превращению архиереев в помощников губернаторов.
В 1817 г. учреждено министерство духовных дел и народного просвещения, которому подчинили Синод наравне с ведомствами по делам других религий. Теперь Синод был подчинен даже не напрямую царю, а министру. А в 30-х годах 19 века обер-прокурор Протасов преобразовал канцелярскую часть Синода по типу министерств. Вместо обер-прокурорской канцелярии при Синоде появилась канцелярия при самом обер-прокуроре, а также Хозяйственный комитет из светских чиновников, что существенно облегчило и оптимизировало управление. Активно вмешивался Протасов и в сугубо духовные дела. Например, преобразовал духовные учебные заведения, по сути, приблизив их к светским (ввел изучение естествознания, медицины и сельского хозяйства, вместо латыни установил преподавание на русском языке). Фактически Протасов полностью подчинил Синод, превратив его в совещательный и исполнительным орган при обер-прокуроре.
Еще более усилил подчиненность церкви государству и бюрократизацию управления в ней
При следующем обер-прокуроре — Победоносцеве, политика стала консервативнее — в частности, усиливалось значение церковного аспекта образования в светских учебных заведениях. Считая православие и церковь духовной основой государственного порядка, он повел к новому сближению государства и церкви. Я бы сказал, что был снова сделан акцент на «симфонии» духовной и светской властей. Правда, материальной независимости церкви не вернули. Она осталась важнейшим, но все же подразделением государства. Конечно, о равенстве духовной и светской властей, их параллелизме, речи уже не шло. Да и не могло.