Сибирь возникла как географическое понятие при Иване Грозном. А с 12 марта 1582 года появился дополнительный указ к Судебнику 1550 года, в котором ссылка впервые стала называться в качестве самостоятельной меры наказания. Надо отметить, что первыми ссыльными были люди знатного происхождения — опальные вельможи и царедворцы, а вслед за ними пошли стрельцы, раскольники, участники разных восстаний.
Одним из первых ссыльных, попавших в Сибирь за политическую провинность, был колокол из Углича, которому по приговору суда вырвали язык, отрубили ухо и пороли плетьми. Колокол этот был виновен в том, что своим звоном созывал народ в мае 1581 года, после того как зарезали младшего сына Ивана Грозного, царевича Дмитрия. Колокол на веревках волоком тащили за партией ссыльных угличан, которые взбунтовались по его призывному звону.
С 1593 по 1645 год в Сибирь отправили полторы тысячи «воров» — так называли поначалу всех людей, совершивших политические и уголовные преступления. Совершенствование «Уголовного кодекса» России привело и к изменениям результатов законодательного процесса, когда в конце XVII века было установление сибирской ссылки как одной из форм наказания. Это, по мнению правительства, проявляло гуманность к осужденным.
Акт отменял жестокие телесные наказания, которые часто уродовали человека, но при малейшей провинности правонарушителей вместе с семьями могли высылать в Сибирь. Понятие государственного или политического преступления введено Соборным уложением 1639−1649 года и подразумевает покушение на царя, на его власть и здоровье, на органы государственного управления, злословие против царского двора.
Царь Алексей Михайлович трижды издавал указы против скоморохов, жестоко преследуемых за свое злословие по отношению к царскому двору. Скоморохов предписывалось наказывать кнутами и батогами, а также «ссылать в украйные города за опалу». Вначале же 1720-х годов появляются юридические термины «государственная вина» и «государственный преступник».
Сибирский кандальный тракт, прозванный в народе «Владимирка», начали строить в 1735 году, по этому пути осужденных отправляли в ссылку и на каторгу в Сибирь. По тракту нескончаемой вереницей шли каторжные и ссыльные с наполовину обритыми головами и гремели цепями и кандалами. А за ними добровольно шли их семьи — жены и малолетние дети, испытывая всю тяжесть долгого изнурительного пути.
С XVIII века после проведения церковной реформы среди сосланных в Сибирь заметную часть стали составлять «страдальцы за веру». Екатерина II специальным манифестом пригласила раскольников вернуться из Польши в Россию и предложила на льготных условиях переселиться в Сибирь. Началось массовое
Во второй половине XVIII века в Сибирь стали ссылать скопцов, членов жестокой религиозной секты, за принадлежность к этой секте их также лишали прав и состояния. Скопцы видели спасение души в «борьбе с плотью» и потому подвергали себя — мужчины и женщины — оскоплению. Они жили «кораблями», устраивали дикие, до одурения, пляски, чтобы истощить силы и ослабить «злую нелепость».
Основатель секты скопцов Кондратий Селиванов за то, что имел смелость предложить «это» самому императору Павлу, был посажен в сумасшедший дом. Влияние скопцов скорее досталось по наследству от Византии, когда в древние века скопцы составляли большую часть сановников в царских дворцах.
В конце XIX века в Сибирь ссылали духоборов.
Каторга, как и ссылка — это государственный инструмент правосудия. В России она появилась во время правления Петра I в форме принудительного труда на гребных судах. У историка А. Нечволодова есть пояснение, что «каторга» — это гребное судно, на котором гребцами служили прикованные к пушкам или веслам рабы. Затем в XVIII в. осужденные на каторгу принуждались к работам в крепостях, на казенных заводах и рудниках.
Благодаря мрачной фигуре Бирона, маячившей за спиной императрицы Анны Иоанновны, через окно в Европу, «прорубленное» Петром I, подобно гоголевским вурдалакам и нетопырям полезли в Россию иностранные предприниматели. Иностранцы начали активно скупать неделимые ранее княжеские вотчины и поместья, а простой, как говорится, русский человек потоком пошел в Сибирь — на каторгу, в работу на создаваемых иностранными гостями плавильных заводах и добывать руду в рудниках.
Развитие металлургии в России потребовало создания каторжных условий при открываемых рудниках и плавильных заводах. В Забайкалье каторга была на рудниках Нерчинского горного округа. Первым каторжником можно было бы назвать протопопа Аввакума, который прибыл сюда под надзором енисейского воеводы Афанасия Пашкова для обустройства Нерчинского острога.
Долина реки Кары, в которой более пятидесяти лет сосредоточивалась Нерчинская каторга, стала известной по золоту с 1832 года. А в конце 1827 г. в Читинский острог стали прибывать декабристы, осужденные на каторжные работы, условия содержания которых были иными, чем содержание остальных заключенных. Это можно предположить из такого курьезного случая, когда одного из декабристов — Дмитрия Завалишина — за «плохое поведение» выслали в Москву из Читы, где он отбывал каторгу.
С 1869 г. осужденные на каторгу помещались в специально устроенных каторжных тюрьмах со строгим режимом, где никаких работ не производилось. С 1875 г. части осужденных на каторгу ссылались на остров Сахалин (в 1905 г., с потерей половины Сахалина, ссылка туда была прекращена). Во второй половине XIX в. невыгодность каторжного труда по отношению к труду механизированному стала очевидной.