«С 15 лет на флоте. Прошел путь от курсанта до командующего флотилией, служил на Балтийском и Черных морях, на Севере и Тихом океане, на Каспии и Амуре. Отличный моряк, мыслящий, волевой командир, инициативный, опытный военачальник», — такую характеристику дал Головко
Н. Г. Кузнецов .
Первая неделя августа у нового комфлота ушла на изучение флотских дел. Он побывал в соединениях, в ближних и отделенных гарнизонах, беседовал с командирами, политработниками, краснофлотцами. Он радовался энтузиазму моряков в освоении сложного морского театра. Вместе с ними испытывал чувство гордости за флот, за успешно выполненные задачи. В те дни его редко можно было найти в кабинете штаба. Он стремился больше находиться в частях и соединениях, чтобы лучше изучить морской театр, ближе познакомиться с людьми, глубже вникнуть в их проблемы.
Несмотря на то, что Арсений Григорьевич с головой ушел в большие и сложные дела, он не остался равнодушен к окружающей величественной и суровой красоте Севера. Он не уставал восхищаться могучими скалистыми берегами, высоко вздымающимися над морскими просторами громадными волнами, которые отливали удивительным внутренним светом под северным незаходящим солнцем.
Первые выходы в море напомнили командующему о строгом нраве и необузданной силе штормовых арктических вод. Даже в спокойную погоду океан волновался, подернувшись серой зыбью. Арсений Григорьевич по давней своей привычке почти не сходил с мостика. Так в заботах минул 1940 год…
Вступало в свои права лето 1941 года. Тревожно было в пограничных районах Норвегии и Финляндии. Разведка постоянно докладывала, что гитлеровцы увеличивают на севере свои сухопутные, авиационные и морские силы, особенно тревожно было то, что в районе Петсамо (Печенга) сосредоточивается 19-й горнострелковый корпус генерал-полковника Дитля. Действия немецко-фашистского командования носили явно открытый характер.
18 июня в течение суток в небе часто появлялись фашистские самолеты-разведчики. В Полярном и на других базах зенитчики вели огонь по самолетам-нарушителям.
На следующий день в зоне флота произошел первый воздушный бой над полуостровом Рыбачий. В тот же день Головко направляет на имя начальника Главморштаба адмирала
Первой победы подводники добились 14 июля. В тот день экипаж подводной лодки «Щ-402» под командованием старшего лейтенанта Николая Столбова потопил в бухте Хоннингсвог фашистский транспорт тоннажем 3 тыс. брт.
Уже к осени 1941 года у подводников появилось новшество — они начали широко применять способ залповой стрельбы по площади 2−4 и даже 6 торпедами, выпускавшимися последовательно, с рассчитанным временным интервалом и постоянным углом упреждения. Таким образом, эффективность атак стала вдвое выше, чем при прицельной стрельбе одной торпедой.
С августа 1941 года Северный флот стал выполнять еще одну миссию: охрана транспортных конвоев союзников. До конца 1943 года СФ встретил 368 и проводил 352 союзных транспорта. Обеспечивая безопасность воинских и народнохозяйственных перевозок, которые достигли в это годы максимальных доставок, Северный флот успешно справился и с этой задачей.
В октябре сорок третьего года комфлота вылетел на беломорскую флотилию. На этой трассе осуществлялось снабжение 14-й армии и Северного флота. По этой коммуникации переводились на Север боевые корабли с Тихоокеанского флота, перевозились воинские грузы, экспортные товары, техническое оборудование, различные виды снаряжения для полярников, уголь, руда и другие материалы.
Эта поездка была для Арсения Григорьевича как нельзя кстати. Ему хотелось побыть в иной обстановке. Всего лишь за несколько дней до отъезда он пережил большое горе — во время операции скончалась жена. Успевший немало испытать на своем жизненном пути, закаленный в суровых условиях флотской службы, он не стыдился своих скупых мужских слез. Остро резала сердце мысль о том, как не хватает ему доброго друга. Екатерина Николаевна помогала ему переносить невзгоды и трудности, которых в жизни военного человека бывает предостаточно…
В течение пяти последних месяцев войны флот обеспечил переход 70 внутренних конвоев. Северный флот на коммуникации Кольский залив — Белое море самостоятельно провел в обоих направлениях сотни союзных транспортов.
Этот огромный боевой опыт североморцев будет широко использоваться в боевой подготовке Военно-морского Флота в послевоенные годы. Но об этом ни в ходе войны, ни в майские дни величайшего ликования и радости адмирал Головко и его соратники, и все североморцы не думали. Они просто были добросовестными, настоящими тружениками войны, самоотверженно отдававшимися порученному делу. И были счастливы тем, что их усилия давали эффект, неплохо служили всенародной цели разгрома врага. Это безмерное счастье от сознания исполненного долга с особой яркостью и силой излучали их глаза и лица в наступивший день Победы.
Центром празднеств стала главная база флота. Еще с вечера все корабли были украшены флагами расцвечивания и алыми стягами. На улицы вышло все население города Полярного. Люди от малого до великого были одеты по-праздничному. Краснофлотцы, старшины и офицеры вышли при всех своих орденах и медалях, у многих на груди горели Звезды Героев Советского Союза. Митинг начался звуками торжественного и величавого Гимна Советского Союза.
Когда замолк оркестр, адмирал Головко обратился к собравшимся с речью. Он кратко подытожил боевую деятельность североморцев, подчеркнул мудрость и дальновидность партии, по воле которой был создан в короткий срок Северный флот, почтил память погибших скорбной минутой молчания:
«Северный флот за время войны с честью выполнил задачи возлагавшиеся на него. Я, как ваш командующий, горжусь вами, горжусь вашим мужеством, боевым мастерством и преданностью Родине… Я горжусь тем, что в годы войны командовал вами, отважные североморцы…»