Так и наследник «императора-гугенота» Максимилиана II — принц Рудольф — воспитывался при дворе дяди, Филиппа Испанского. Как говорится, «Мы все — одна семья!».
Приглядимся к фигуре Рудольфа как человека. «Он обладал глубоким умом, был дальновидным и рассудительным, обладал сильной волей и интуицией… Однако ему был присущ такой серьезный недостаток, как обость, причиной которой была его склонность к депрессии.
На этой основе у него развилось стремление к бегству от действительности, выражавшееся в нереальных планах. Испанские придворные манеры поощряли его стремление отгородиться от мира, и политическая пассивность становилась все более характерным признаком его правления". (Фолькер Пресс, немецкий историк)
Из Испании Рудольф вернулся в возрасте 18 лет. Отец, император Максимилиан II, увидел в старшем сыне излишнюю жёсткость и религиозную нетерпимость, а мать Изабелла, напротив, увидела редкую в Вене тех лет изысканность и утонченность. Вообще политические уроки дяди (по матери) Филиппа Испанского Рудольф хорошо запомнил, и его манера правления отличалась сдержанностью и скрытностью даже с ближайшими помощниками и родственниками. Кроме того, подобно Филиппу Разумному, Рудольф ненавидел путешествия и был закоренелым домоседом.
В возрасте 31 года, прибыв в Германию, Рудольф поселился в Праге. Сделать это его заставило осознание того, что венцы, «мягко говоря», его не любят. Вообще, фигура Рудольфа II значит очень много для Праги и пражан, поистине «Рудольф II Габсбург — пражский император». При его правлении город был перестроен, и по сути современная Прага — это город Рудольфа.
Рудольф был страстный коллекционер. Он основал первую «Кунсткамеру» — коллекцию книг, рукописей, картин, монет и всяких редкостей, которая сильно пострадала от грабежей во время Тридцатилетней войны. В частности, его детище — коллекция драгоценных камней и минералов различных регионов.
Но больше всего Рудольф прославился как оккультист и чернокнижник. До сих пор ходит легенда о том, что ему удалось открыть секрет «философского камня». В Прагу были приглашены английские астрологи, алхимики Эдвард Келли и Джон Ди (который в 1584-м и 1586-м жил в Праге), занимавшиеся также и вполне серьёзными (с современной точки зрения) изысканиями в области математики и астрономии. Алхимиком был и работавший при его дворе (и умерший в Праге) великий астроном Тихо Браге. С Рудольфом некоторые связывают таинственную рукопись Войнича, которая сама по себе — загадка не менее загадочная, чем «философский камень».
Рудольф никогда не был женат (а прожил он почти 60 лет), что впоследствии стало поводом для подозрения его в тайной гомосексуальности (как считал английский историк Альфред Роуз). Рудольф вёл замкнутый образ жизни, и многие из написанных по его заказу полотен отличаются утонченным эротизмом.
Воспитание иезуитов не прошло даром: Рудольф начал борьбу с протестантами в Австрии, Чехии и Венгрии, чем поставил власть своего рода под сильный удар. Протестанты — члены верхнеавстрийского и нижнеавстрийского ландтагов — заключили между собою союз (1603) для защиты своей веры, католики, напротив, считали действия императора вялыми и недостаточными.
Видя общее недовольство, Рудольф II думал привлечь общественное мнение на свою сторону войной с турками. Но тут его ждал тяжелейший удар: все его противники объединились во всеобщем восстании, власть Рудольфа пала в Венгрии, Австрии и Моравии. Лишь Чехия и Силезия, да и то с оговорками, сохранили верность императору.
Когда создалась реальная угроза обрушения власти Дома Габсбургов в Австрии, Венгрии и Чехии, родня предпочла отстранить неудачливого императора от власти и передала её младшему брату Рудольфа — Маттиасу, который путём огромных уступок протестантам сохранил империю Габсбургов от неминуемого краха.
Рудольф II 9 июля 1609 года вынужден был подписать составленный сеймом акт, получивший название «грамоты величества». На основании этой грамоты «чешские братья» (протестанты) были уравнены в правах с католиками. Чехи-протестанты получили право строить храмы, заводить училища, иметь свои синоды, управлять делами Пражского университета, собирать войско, взимать налоги для его содержания, а в случае надобности — созывать представителей протестантского населения для совещаний об общем деле.
Рудольф II придумывал средства отнять у Матиаса отданные ему земли, интриговал против него, но всё-таки должен был отречься от чешской короны. 23 мая 1611 года Матиас был коронован, а Рудольфу дали пенсию и сохранили за ним внешний почёт. Лишённый власти, изнурённый болезнью и помешательством (сифилис третьей степени), Рудольф II умер 20 января 1612 года, не оставив законного потомства, так как не был женат.
Современные западные исследователи полагают, что правление императора Рудольфа II — классическое воплощение сути эпохи Возрождения и наступающего Нового времени, и его «странности» — увлечения оккультизмом, алхимией, страстное коллекционирование, вероятная гомосексуальность и полнейший политический крах — как нельзя отвечают колориту эпохи.