Филипп видел себя королём Испанского государства, главой дома Габсбургов, а также властителем Нидерландов. Высшая его цель состояла в сохранении и приумножении владений дома Габсбургов, защите их от турок, сдерживании Реформации и борьбе с протестантами — главной угрозой всемирной империи Габсбургов.
В отличие от своего отца, он полагал, что императору незачем лично участвовать в каждом сражении. Командовать войсками он доверил своим полководцам, а сам сосредоточился на выработке стратегических вопросов в управлении огромной империей, «над которой не заходит солнце».
В 1561 году Филипп избрал своей резиденцией Мадрид, вблизи которого по его распоряжению в период с 1563 по 1586 год был возведён Эскориал — символический центр его владычества, сочетавший в себе королевскую резиденцию, монастырь и династическую усыпальницу. С переносом двора и центральных органов власти в Мадрид Филипп завершил длившийся столетия процесс создания единого испанского государства. С этого момента Мадрид стал превращаться в испанскую столицу.
В возрасте одного года Филипп стал именоваться принцем астурийским — так при прабабке Филиппа королеве Кастилии Изабелле Католичке и ее супруге короле арагонском Фердинанде стали называть наследника престола Кастилии, а затем и Испании.
В 1540 году 13-летний Филипп становится герцогом миланским. Это стало возможным благодаря блистательным победам его отца императора Карла V в изнурительных итальянских войнах с Францией. В битве при Павии в 1525 году в плен сдался король Франции Франциск I, который был принужден отказаться от своих прав на миланское герцогство (хотя, получив свободу, он тут же отрекся от своих обещаний). Император в 1536 году вторгся в Прованс и осадил Марсель, в итоге его сын воцарился в Милане, а в Северной Италии установилась власть испанцев.
В 1554 Филипп получил от отца и корону Неаполя, или «королевства Обеих Сицилий». Но двумя годами позже предводительствуемые герцогом Франсуа де Гизом французские войска захватили Неаполь. В 1555 году (на год раньше, чем назваться королем Испании) Филипп становится правителем Нижних Земель (или Нидерландов), а в 1556 и графом бургундским (ГБ, или Франш-Конте, ныне входит в состав Франции).
Теперь уделим вниманием его методам управления государством. Филипп долго трудился и выработал, наконец, собственный стиль управления громадной империей, его можно назвать королевско-бюрократическим. Но тщательно избегал того, чтобы доверять некоторую часть своей абсолютной власти какому-либо лицу, решения главных вопросов внешней и внутренней политики он неизменно оставлял за собой.
Главными помощниками Филиппа в Испании были в основном учёные правоведы, часто духовного звания. При этом действовали Советы — Государственный Совет (по решению и согласованию вопросов внешней политики); Финансовый совет, ответственный за решение финансовых вопросов; окончательно оформившийся лишь при Филиппе Военный совет. Выдающуюся компетенцию имел Совет Инквизиции. Огромными владениями Филиппа в Америке ведал Совет Вест-Индии.
К своим обязанностям монарха Филипп подходил крайне серьёзно: относясь к своим чиновникам подозрительно, он был заинтересован в поддержании напряженности между ними. Ежедневно Филипп просматривал огромные кипы документов; его заметки на полях и поныне служат тому убедительным доказательством. Он требовал, чтобы его постоянно держали в курсе всех событий во всех частях державы. Из некоторых его писем явствует, что он засиживался за бумагами до глубокой ночи, покидая рабочий стол лишь тогда, когда чувствовал крайнюю усталость и изнурение. В итоге все информационные каналы замыкались на Филиппе. Все важные решения он желал выносить лично и только после тщательной обработки всей поступившей информации.
Если кто-либо из его окружения пренебрегал своими служебными обязанностями, использовал своё положение для личного обогащения, препятствовал осуществлению высших политических, династических или религиозных целей короля, то Филипп без колебаний лишал его должности и удалял от двора, подчас показательно. Так, например, он уволил своих секретарей Франсиско де Эрасо и Антонио Переса и заключил их под стражу. Герцог Альба время от времени терял доверие короля и своё положение при дворе из-за просчётов в своей политике в Нидерландах и самоуправства.
Более того, своего тогда единственного наследника, дона Карлоса, который был психически тяжело болен и попал под подозрение в сотрудничестве с нидерландскими повстанцами в 1568 году, Филипп поместил под домашний арест. Вскоре после этого дон Карлос скончался, что спасло Филиппа и Испанию от назревавшего глубокого внутри и внешнеполитического кризиса.
Когда в 1578 погиб в Африке его племянник (сын его сестры Хуаны Австрийской) и в то же время племянник его жены Марии — португальской принцессы — король португальский Себастиан, не оставивший наследника, Филипп как ближайший родственник предъявил права на корону соседнего государства.
После недолгого сопротивление Испания и Португалия объединились, теперь в распоряжении Филиппа оказалась и богатейшая колониальная империя португальцев.