Из ставки Дёница информация о капитуляции была оперативно доведена до основных группировок германских войск, продолжавших оказывать сопротивление Красной Армии и экспедиционным силам союзников. Многие соединения вермахта начали складывать оружие. Но часть группировок, в том числе группы армий «Центр» (под командованием генерал-фельдмаршала Фердинанда Шернера) и «Австрия» (под командованием генерал-полковника Лотара Рендулича), а также часть войск группы армий «Е» (под командованием генерал-полковника люфтваффе Александера Лёра) исполнять указания Дёница отказались, пытаясь пробиться к союзникам, чтобы не сдаваться в плен советским войскам.
Особенно сложная ситуация сложилась в Чехословакии, где дивизии группы армий «Центр» и часть сил групп армий «Австрия» оказывали ожесточенное сопротивление наступающим советским войскам. В критическом положении оказалась восставшая Прага, большую часть которой войска Шернера захватили, жестоко подавив сопротивление чешских патриотов.
Днем 7 мая Черчилль и Трумэн проинформировали Сталина, что на следующий день собираются объявить о подписании акта о капитуляции Германии и завершении войны. В ответном послании Сталин резонно отмечал, что на значительной части советско-германского фронта продолжаются жестокие бои, поэтому объявление о капитуляции стоит отложить до его реального вступления в силу в 23 часа 8 мая. Одновременно он предлагал главам союзных держав организовать новое подписание Акта о безоговорочной капитуляции Германии «в Берлине, и не в одностороннем порядке, а обязательно верховным командованием всех стран антигитлеровской коалиции».
Ко времени подписания нового акта о капитуляции крупные очаги сопротивления гитлеровцев оставались только на территории Чехословакии и юго-западе Германии, где продолжались тяжелые бои. Менее значительные пункты сопротивления, где еще не приступили к капитуляции, сохранялись в Австрии, на севере и северо-востоке Германии, в Прибалтике, Дании.
Актом о капитуляции предусматривалось, что «Германское Верховное Командование немедленно издаст приказы всем немецким командующим сухопутными, морскими и воздушными силами и всем силам, находящимся под германским командованием, прекратить военные действия в 23−01 час по центральноевропейскому времени 8-го мая 1945 года, остаться на своих местах, где они находятся в это время, и полностью разоружиться, передав все их оружие и военное имущество местным союзным командующим или офицерам, выделенным представителями Союзного Верховного командования».
Вместе с тем, в акте было четко сформулировано, что «в случае если немецкое Верховное Командование или какие-либо вооруженные силы, находящиеся под его командованием, не будут действовать в соответствии с этим актом о капитуляции, Верховное Командование Красной Армии, а также Верховное Командование Союзных экспедиционных сил предпримут такие карательные меры или другие действия, которые они сочтут необходимыми».
И подобные меры Красная Армия вынуждена была предпринимать на ряде направлений. То, что не все войска выполняют решение о капитуляции, признавали и в ставке Дёница. 9 мая здесь было обнародовано официальное сообщение в связи с капитуляцией, в котором говорилось, что «на Юго-Восточном и Восточном фронтах все штабы главных соединений вплоть до Дрездена получили приказ прекратить огонь». Но отмечалось, что «восстанию чехов почти во всей Богемии и Моравии удалось помешать выполнению условий капитуляции и нашим связям в этом районе. Сведений о группах армий Лёра, Рендулича и Шернера штаб верховного главнокомандования до сих пор ещё не получил».
В ставке германского командования откровенно лукавили, связь с «мятежными» группами армий, отказавшимися капитулировать перед советскими войсками, была устойчивой, но Дёниц негласно поддерживал их решение пробиваться к американцам, чтобы там сдаться в плен.
9 мая, когда в Советском Союзе с ликованием отмечали Победу над фашистской Германией (в США и Англии о ней объявили еще 8 мая), войска 1-го, 2-го и 4-го Украинских фронтов продолжали рассекать и окружать германские войска на юго-западе Германии и в Чехословакии. Утром 9 мая в Прагу ворвались танки передовых частей 1-го Украинского фронта, а войска 2-го и 4-го фронтов соединились, замкнув в кольцо окружения значительную часть германской группировки. К американцам удалось с боями прорваться только нескольким дивизиям из группы армий «Австрия».
10 мая крупные бои на этом направлении начали затухать, большинство окруженных гитлеровцев, поняв бесперспективность продолжения борьбы, стали складывать оружие. На следующий день основные силы германской группировки в Чехословакии прекратили сопротивление, а войска 1-го Украинского фронта вошли в соприкосновение с 3-й американской армией. Но добровольно сдались далеко не все, отдельные части и подразделения германских войск с боями пытались пробиваться к американцам до двадцатых чисел мая.
На других направлениях боевые действия закончились раньше. 9 мая сложили оружие германские войска в районе Гдыни и Данцига, капитулировала оперативная группа «Нарвик» в Норвегии. Крупный гарнизон на косе Путцигер-Нерунг (Восточнее Данцига) капитулировал перед советскими войсками 10 мая, на следующий день сложили оружие остатки частей в Курляндии и на датском острове Борнхольм.
К середине мая бои практически прекратились. Оставались еще мелкие разрозненные группы солдат и офицеров противника, ликвидацией которых, как правило, занимались специальные подразделения. После того, как Сталину 13 мая доложили, что все крупные группировки противника капитулировали, было принято решение о проведении Парада Победы. Все-го же с 9 по 14 мая советскими войсками было разоружено и взято в плен более 1 миллиона 230 тысяч военнослужащих противника, включая 101 генерала. Совинформбюро только 15 мая смогло объявить об окончании организованного приема пленных в зоне советской оккупации.
Война, принесшая народам многих стран неисчислимые бедствия, закончилась. Кого-то впереди еще ждала война с Японией, хоть и скоротечная, но от этого не менее кровавая. Для большинства же солдат впереди была демобилизация и мирная жизнь, о которой они мечтали между боями, ради которой на полях сражений погибали их товарищи.