В последующем отдельные попытки взять церковь под царский контроль предпринимались, но они ограничивались только отдельными моментами церковной жизни. При царе Алексее Михайловиче был создан Монастырский приказ, но просуществовал он недолго. Всеми вопросами религиозной жизни продолжал ведать подчинявшийся только главе церкви Патриарший приказ. Окончательно поставил православную церковь под контроль монарха Петр I в ходе проведения всеобъемлющих реформ в государстве.
Понимая особую роль и положение церкви в стране, царь не спешил и действовал последовательно, приучая духовенство и верующих, что серьезные изменения не за горами. Для начала Петр оставил православную церковь без патриарха. После смерти в 1700 году патриарха Адриана выборы его преемника проводить не стали, а его функции стал исполнять блюститель патриаршего престола (экзарх) митрополит Стефан.
Уже в начале следующего года Патриарший приказ был распущен, а его функции переданы восстановленному Монастырскому приказу, подотчетному монарху. Ряд малозначимых приказов, ранее подчинявшихся патриарху, остались в ведении блюстителя патриаршего престола. К концу года царь лишил монастыри права распоряжаться своими доходами, передав его новому приказу. Затем была проведена перепись всех монашествующих, а новые пострижения и переходы монахов из одного монастыря в другой стали разрешаться лично царем.
Монастырский приказ получил широкие судебные права. Любопытно, что они очень близки к тем, что были сформулированы в «Уложении» царя Алексея Романова. И это было не единичное заимствование Петром законодательных норм, разработанных в период царствования его отца. Часть из них молодой монарх просто дублировал своими указами, но параллельно шла наработка новых законодательных актов.
Важным этапом церковной реформы стало событие, вроде бы с ней напрямую не связанное. В 1711 году был учрежден Правительствующий сенат, взявший на себя функции Боярской думы. Первоначально он должен был в полном объеме действовать только при отъездах царя за пределы государства. Соответственно, в его ведении на этот период оказывалось и руководство церковными делами. О чем было четко оговорено в царском указе: «Повелеваем всем, кому о том ведати надлежит, как духовным, так и мирским, военного и земского управления высшим и нижним чинам, что мы для всегдашних наших в сих войнах отлучках, определили Управительственный Сенат, которому всяк и их указам да будет послушен так, как нам самому под жестоким наказанием или смертию, по вине смотря».
Вскоре Сенату было передано большинство функций высшего органа государственной и судебной власти. Даже царские указы теперь становились законами после их регистрации и опубликования Сенатом.
В 1717 году Петр официально учреждает институт военного и флотского духовенства, подчинив его специально назначаемым обер-полевым священникам и обер-иеромонахам флота, но только на период походов и военных кампаний. В этот же год царь назначает президентов в десять коллегий (министерств), заменивших приказы. Коллегии духовных дел среди них еще нет, но уже под руководством сподвижника Петра архиепископа Феофана разрабатываются документы для её создания.
В начале 1720 года одобренный царем проект регламента Духовной коллегии отправлен в Сенат, которому поручено ознакомить с ним церковных иерархов. Видимо, этот документ особого воодушевления в церковных кругах не вызвал, подписываться под ним митрополиты и архиепископы не спешили. Последовал указ монарха: «А буде кто подписыватца не станет, и у того всять на писме за рукою, какой ради причины онои не подписываетца, чтоб о том показали имянно».
После того, как под проектом появились подписи всего девяти духовных лиц, Петр в январе 1921 года Регламент утвердил и дал годичный срок на подписание его всеми, кому следовало. Добиваться нужного для себя результата царь умел, уже к осени под документом, получившим название «Регламент или устав духовной коллегии», стояли подписи 19 епископов, 48 архимандритов, 15 игуменов и 5 иеромонахов. Последним документ подписал экзарх митрополит Стефан.
В регламенте были четко сформулированы функции нового органа духовного управления, подчинявшегося монарху: «Понеже в единой персоне не без страсти бывает; к тому ж не наследственная власть, того ради вящшее не брегут. Уставляем Духовную Коллегию, то есть Духовное Соборное Правительство, которое по следующем зде Регламенте, имеет всякия Духовныя дела во Всероссийской Церкви управлять.
Должна же есть Коллегия сия, и новыми впредь правилами дополнять Регламент свой, яковых правил востребуют разные разных дел случаи. Однакож делать сие должна Коллегия Духовная не без Нашего соизволения.
Определяем же в сей Духовной Коллегии быть именованным зде Членам: единому Президенту, двоим Вице-Президентам, четырем Советникам, четырем Асессорам».
Простым сбором подписей, без проведения Собора или какого-то серьезного обсуждения в церковных кругах реформа управления Православной церковью была произведена. Вместо патриарха церковью должна была управлять коллегия, дополнившая уже существующие коллегиальные органы государственной власти. Президентом коллегии монарх назначил экзарха митрополита Стефана, но фактическое руководство осуществлялось вице-президентом — архиепископом Феофаном, которому царь всецело доверял. Дополнительно была введена должность обер-прокурора - официального представителя царя в духовном ведомстве, наделенного контрольными функциями. Назначая первым обер-прокурором Ивана Болтина, монарх пояснил, что работать орган, руководящий церковью, будет «под наблюдением и руководством из офицеров, человека доброго и смелого». Остальные же члены коллегии назначались из духовных лиц, а часть сотрудников — из обычных чиновников.
Не без влияния Феофана, 14 февраля 1721 года, в день официального открытия коллегии, она была переименована в Святейший Правительствующий Синод. Видимо, Петр согласился с доводами Феофана, что поминать при богослужениях высший церковный орган, называя его на протестантский манер «коллегией», это уже ересью попахивает.
Оставалась еще одна проблема — подчиненность Синода не монарху, Божьему помазаннику на царство, а сугубо светскому Сенату. Кстати, к присяге члены тогда еще Духовной коллегии (проходила до 14 февраля) приводились именно в Сенате, что вызвало явное неудовольствие входивших в неё митрополитов и архиепископов. Но в присяге была фраза «Исповедую же с клятвою крайняго судию духовных сея коллегии быти самого всероссийскаго монарха, государя нашего всемилостивейшаго». Естественно, что члены Синода стали ратовать за то, чтобы подчиняться монарху минуя Сенат.
Петр пошел церковным иерархам на встречу. Синод был подчинен ему напрямую, но по ряду вопросов все же оставался подотчетен Сенату, что в течение 200 лет его существования не раз вызывало возникновение конфликтных ситуаций, разрешать которые приходилось уже преемникам Петра I. Формально же Сенат так и остался в государственной иерархии на ступень выше Синода.
После введения «Табели о рангах», все члены Синода были приравнены к соответствующим статским чинам. Обер-прокурор имел действительный чин 4 класса (в армии ему соответствовал генерал-майор). Остальные члены Синода, так как были людьми духовными, просто приравнивались к чинам, предусмотренным для коллегий (для занятия соответствующего места на приемах и государственных мероприятиях, получения денежного содержания
Стоит отметить, что в церкви по подобию «Табели о рангах» в этот период была создана своя иерархическая система из девяти духовных санов (чинов), предусматривавших соответствующее титулование. С 1-го, который занимали митрополиты (Ваше высокопреосвященство, владыко), до 9-го — диаконы (Ваше благовестие).
Впоследствии неоднократно изменялась структура Синода, была повышена роль обер-прокурора, но суть не менялась — церковь стала государственным институтом, а управление ею осуществлял специальный орган, приравненный к министерству, полностью подотчетный монарху. Хорошо это или плохо — судить не берусь. Но такое устройство высшего церковного управления просуществовало до избрания патриархом митрополита Тихона в декабре 1917 года. Руководить Православной церковью ему предстояло до 7 апреля 1925 года.
Следующий патриарх был избран в 1943 году, когда Сталин существенно смягчил государственную политику в отношении церкви, стремясь максимально использовать её влияние и возможности в интересах победы в Великой Отечественной войне. В этом же году для церкви было принято официальное наименование «Русская православная церковь». Патриаршее правление больше не прерывалось. Ныне действующий патриарх Московский и всея Руси Кирилл (Гундяев) был избран 1 февраля 2009 года.