Идея создания обители, чей уклад отличался бы от монастырского, а деятельность направлялась на помощь больным и обездоленным, возникла у Елизаветы Федоровны после гибели в 1905 году от рук террористов мужа, великого князя Сергея Александровича. Для будущей обители весной 1907 года великая княгиня приобрела на средства, полученные от продажи драгоценностей, большой участок с садом и домами на Большой Ордынке в Замоскворечье. В начале 1909 года выкупила еще и соседний с большим домом. В феврале того же года Марфо-Мариинская обитель официально открылась.
Для обители был составлен специальный Устав, не сразу нашедший понимание у церковного руководства. Дело в том, что сестры обители не принимали пострига, то есть не становились монахинями. По сути, они окончательно не порывали с миром и в любой момент могли вернуться к обычной жизни.
Сестры обители делились на две категории — испытуемых и крестовых. Испытуемые не принимали на себя никаких официальных обязательств, а исполняли Устав и трудились в обители только по велению души. Крестовые сестры проходили обряд посвящения, но монашеского обета не давали. Сестрами становились женщины от 21 до 45 лет, получавшие в обители начальные навыки медицины и педагогики, позволявшие им ухаживать за больными, оказывать первую медицинскую помощь, а для наиболее подготовленных — работать акушерками, медицинскими сестрами, фармацевтами. Кроме того, сестры становились воспитательницами в приютах и учительницами начальных классов.
Обет целомудрия сестры, среди которых были представительницы всех российских сословий, соблюдали только в период своего послушания в обители. Любопытно, что тем из сестер, кто пожелает выйти замуж, обитель помогала готовить приданое и приобрести навыки домоводства. Так, одна из сестер стала супругой известного художника Павла Корина, расписывавшего соборный храм обители.
Для сестер предусматривалась и возможность пострижения в монахини, но не ранее достижения 40-летнего возраста. При этом принявшие постриг должны были жить вне обители в создаваемых ею скитах. Сама же Елизавета Федоровна, возглавив обитель, приняла монашеский постриг с именем Марфа и была возведена в сан настоятельницы.
Елизавета Федоровна, как и все сестры обители, проводила время в молитвах, помощи обездоленным и уходе за больными, которые считали, что от матушки исходит целительная сила, помогающая преодолеть недуг.
Вскоре обитель превратилась в признанный центр милосердия, в который постоянно шли люди, зная, что получат здесь и помощь, и защиту, и лечение, и успокоение души. В обители были построены две церкви и часовня, созданы больница, амбулатория и аптека, открыты благотворительная столовая, приют для девочек-сирот, воскресная школа и библиотека. Рядом с входом в обитель матушка повесила ящик, в который отчаявшиеся люди опускали записки с мольбами о помощи. В год таких просьб набиралось более 10 тысяч. И по всем Елизавета Федоровна старалась принять разумное решение.
Благодаря стараниям настоятельницы обители в Москве открылось несколько детских приютов, общежитие для мальчиков и специальный дом для девушек, в котором они могли получить комнату за символическую плату или вообще бесплатно. Особой заботой матушки был приют для туберкулезных больных, где содержались и неизлечимо больные, которым сестры общины помогали обрести душевный покой перед уходом из земной жизни.
Продолжила Елизавета Федоровна и дело своего мужа по оказанию помощи паломникам, посещавшим Святую Землю. Благодаря её стараниям в Италии в городке Бари невдалеке от гробницы святого Николая Чудотворца был построен православный храм. Помогала она духовенству и в России, особенно сельским батюшкам, у которых не хватало средств на постройку или ремонт храма.
К сожалению, бурные события начала века помешали Елизавете Федоровне реализовать все планы. При помощи меценатов она собиралась создать отделения обители во всех российских губерниях, построить в Подмосковье скит для сестер, принимающих монашеский постриг, организовать в Москве сеть детских приютов, богадельню, а также построить в нескольких районах города дома для рабочих с дешевыми квартирами.
В годы Первой мировой войны в стенах обители работал госпиталь, сестры под руководством матушки собирали подарки, одежду и продукты для солдат, отправляли их в действующую армию, помогали вдовам и детям погибших воинов. К началу революционных событий 1917 года в обители трудились на благо больных и обездоленных более 100 сестер, продолживших деятельность и после ареста и мученической гибели в 1918 году своей настоятельницы.
Марфо-Мариинская обитель продолжала действовать до 1926 года. В это тяжелое время ей руководила Валентина Гордеева. Несмотря на реальную бескорыстную помощь, оказываемую сестрами больным и обездоленным, московские власти приняли решение о её закрытии. Часть сестер после этого была выслана в Туркестан, другие уехали в Тверскую область, где создали небольшое огородное хозяйство. Одно оставалось неизменным, где бы ни находились сестры обители, они продолжали оказывать помощь людям, безвозмездно трудились в больницах и госпиталях, заботились о беспризорных детях.
После закрытия обители её помещения использовались для различных целей, в соборном храме сначала был создан кинотеатр, потом в нем разместили дом санитарного просвещения, а после войны Художественно-реставрационный центр им.
Возрождение Марфо-Мариинской обители началось после принятия московским правительством в 1992 году постановления о передачи всего комплекса Московской патриархии. Первоначально здесь действовало сестричество, преобразованное в 1995 году в обитель. В 2000 году Марфо-Мариинская обитель получила статус Патриаршего подворья.
К настоящему времени удалось претворить в жизнь и некоторые планы, которые вынашивала первая настоятельница. Теперь обитель имеет около 20 отделений, работающих в различных регионах страны, а также на Украине и в Белоруссии. В самой обители снова действует приют-пансион для девочек-сирот, работают патронажная служба и благотворительная столовая. Сестры обители, как и раньше, несут исцеление людям, работая в больницах и госпиталях, заботятся о детях и тех, кто по превратностям судьбы оказался в тяжелых жизненных ситуациях. Дело, начатое святой преподобномученицей великой княгиней Елисаветой Московской, продолжает жить.