Все лето на острове работные люди и солдаты осушали болото, вбивали сваи, насыпали вал, ставили укрепления и дома. Работа шла в неимоверно тяжелых условиях, спешили, ведь рядом находился грозный сосед — Швеция. Не все выдерживали каторжный труд и жизнь впроголодь. Сначала умерших хоронили где придется, затем появилось небольшое кладбище. Вскоре поставили деревянную церковь во имя апостолов Петра и Павла. Пожалуй, в этот период чаще других служб в ней шли отпевания.
Несмотря на все трудности, город строился. Следуя грозному повелению молодого царя, в него потянулись из Москвы бояре и дворяне с семьями. Появились первые улицы, стали возводиться каменные дома. После Полтавской победы, когда опасность с севера практически миновала, город стал стремительно расти. Крепость же, получившая название по расположенному в ней собору, на Заячьем острове сохранилась, став форпостом Санкт-Петербурга со стороны Невы и местом заключения государственных преступников.
Трудно сказать, когда у Петра родилась идея поставить вместо ветшающей деревянной церквушки каменный собор, придав ему особую роль в жизни императорской фамилии. В мае 1712 года Петр, окруженный своими сподвижниками, заложил на месте снесенной деревянной церкви камень в основание нового собора. К строительству царь подошел основательно, выписал из Швейцарии архитектора Доменико Трезини, обеспечил его лучшими мастерами, да и денег не жалел.
Основные строительные работы были закончены за 8 лет. На собор установили часы-куранты, приобретенные за огромные деньги (около 45 тыс. рублей) в Голландии. А в 1723 году над собором взметнулся ввысь знаменитый позолоченный шпиль, ставший самым высоким архитектурным сооружением города (122,5 метра). Внутреннее оформление собора и создание иконостаса продолжилось после смерти Петра, завершившись в 1733 году, когда собор был освящен.
Петропавловский собор поражал современников размерами и богатством внутреннего убранства. Оформленные под мрамор пилоны, увенчанные капителями с золочеными херувимами, делят собор на три нефа, которые перекрывают крестовые своды. Их украшают расписные плафоны с фигурами ангелов. На сводах размещены 18 больших картин на сюжеты Нового Завета. У одного из пилонов оформлено царское место, которое во время богослужений занимал монарх.
Любопытно, что по распоряжению Петра в соборе были выставлены взятые в боях трофейные знамена и штандарты. Эта традиция была сохранена и после смерти Петра I. Кстати, флаг с адмиральского турецкого корабля, захваченный в Чесменской битве, Екатерина II в 1772 году торжественно возложила на гробницу создателя российского военного флота. Со временем в соборе накопилось значительное количество знамен, и в 1855 году архитектор Монферран создал специальные позолоченные деревянные тумбы, в которых трофейные штандарты разместили на стенах и колоннах собора.
Первое время собор был кафедральным, но уже четко обозначилось главное его предназначение — быть усыпальницей императорской фамилии. Первые похороны прошли еще летом 1708 года в старой деревянной церкви, когда в ней обрела вечный покой полуторагодовалая Екатерина, дочь Петра I. Эта могила была сохранена, а в 1715 году к ней добавились еще четыре. Сначала похоронили дочерей Петра Наталью и Маргариту, затем царицу Марфу, вдову царя Федора Алексеевича. Затем в строящемся соборе похоронили принцессу Шарлотту-Христиану Софию, супругу царевича Алексея.
С этого времени стало окончательно ясно, что теперь всех Романовых будут хоронить только здесь — в Петропавловском соборе. Раньше всех великих московских князей (начиная с Юрия Данииловича), а затем и царей (до Алексея Михайловича Романова) традиционно хоронили в Москве в Архангельском соборе. Правда, в послепетровские времена было одно исключение, в Архангельском соборе похоронили скончавшегося в Москве молодого императора Петра II.
При жизни Петра I в соборе прошло еще несколько похорон. В январе 1717 года был похоронен сын императора Павел. Летом 1718 года здесь же похоронили царевича Алексея Петровича, казненного по решению императора за подготовку государственного переворота.
8 марта 1725 года траурная процессия доставила в собор гроб с телом усопшего Петра Великого. Для погребения императора в соборе соорудили небольшую деревянную церковь, так как еще продолжались оформительские работы. В ней разместили под балдахином катафалк с гробом императора и гробом его дочери Натальи, умершей 4 марта. Летом 1727 года к ним добавился и гроб с телом императрицы Екатерины I, скончавшейся 6 мая. Земле тела Петра и Екатерины были преданы только в мае 1731 года по распоряжению императрицы Анны Иоанновны. По свидетельству «Ведомостей» торжественное погребение «происходило с особенно учрежденной церемонией 29 мая в субботу, в одиннадцатом часу утра. При этом присутствовали господа от генералитета и Адмиралтейства и многие коллежские чины. Во время поставления гробов в преуготовленное нарочно к тому Императорское кладбище, с крепости произведен пятьдесят один выстрел». Гроб с телом Натальи, видимо, был захоронен раньше.
Сам церемониал императорских похорон был частично разработан еще Петром I. Естественно, что православный чин предания тела земле был оставлен без изменений, а вот светская часть церемониала была во многом заимствованная из европейских традиций монарших погребений. Петр отказался от проведения монашеского пострига умирающего императора, который исполнялся в России веками. Было установлено, что по умершему монарху объявлялся траур на год, а по умершим великим князьям или княгиням — на три месяца. В этот период при дворе дамы должны были носить траурные черные платья, а мужчины — траурные повязки на рукаве.
Вступивший на престол император создавал для похорон своего предшественника «Печальную комиссию» из высших сановников государства, которая составляла роспись подробного церемониала похорон и после её утверждения занималась их подготовкой и проведением. В XVIII веке императоров хоронили на сороковой день после смерти. Этот срок нарушили только при похоронах Екатерины I. В XIX веке этот порядок похорон соблюдать перестали, как и традицию хоронить монарших особ в золотой короне.
По сложившейся традиции в соборе хоронили не только забальзамированные тела в герметично закрытых гробах, но и все, что было изъято из тела при бальзамировании. Причем, сердце и внутренности помещали в отдельные сосуды и захоранивали за день до официального погребения на дне могилы. Как правило, это происходило только в присутствии членов «Печальной комиссии» и духовенства.
Первый этап использования собора как усыпальницы императорской фамилии завершился в 1728 году, когда в нем похоронили дочь Петра I великую княжну Анну. После этого в течение 100 лет в соборе хоронили только коронованных представителей рода Романовых, от императрицы Анны Иоанновны до вдовствующей императрицы Марии Федоровны, супруги Павла I. В 1831 году император Николай I повелел похоронить в соборе своего старшего брата великого князя Константина Павловича. С этого времени в соборе снова стали хоронить близких родственников императора.
Естественно, что предназначение Петропавловского собора отразилось и на его деятельности. В нем совершались не все таинства: никогда не проводились крещения и венчания. Отпевали же только членов императорской семьи, иногда делая исключение для комендантов крепости, которых хоронили на небольшом кладбище рядом с собором.