В допетровский период структуры военного духовенства на Руси не существовало. Богослужения в период военных походов для войска проводили княжеские духовники, приходские священники или иеромонахи. Первые упоминания о постоянных священниках в полках русской армии относятся ко времени царя Алексея Михайловича.
Организационно структура военного духовенства в России начинает формироваться на рубеже
Реформа Петра I устранила церковных иерархов от участия в государственном управлении и существенно изменила структуру внутрицерковного управления, лишила РПЦ значительной части собственности. В результате было упразднено патриаршество, а руководство Церковью было организовано по образцу гражданских коллегий. Результаты реформы закрепил Духовный регламент, в соответствии с которым все функции церковного управления были переданы специально создаваемому государственному органу — Духовному коллегиуму, впоследствии он был переименован в Святейший Синод. Решения Синода в обязательном порядке визировались обер-прокурором Синода — государственным чиновником, на которого и была, по существу, возложена высшая исполнительная власть в Церкви.
В результате этой реформы РПЦ превращалась в одно из государственных учреждений, действовавших «под наблюдением и руководством из офицеров, человека добраго и смелаго», как определялось в петровском указе о назначении первого обер-прокурора. Примечательно, что его ранг в структуре государственных чинов оказался относительно скромным. В Табели о рангах, введенной Петром I в 1725 году, чин обер-прокурора Синода соответствовал 4-му классу гражданской службы (в армии к 4-му классу относился чин генерал-майора).
Проведенная Петром реформа позволила сделать РПЦ надежным проводником государственной политики. Но, несмотря на все усилия церковного руководства, комплектование армии и флота священниками продвигалось трудно. В Московском архиве МИДа сохранилось любопытное письмо адмирала Крюса от 1704 года, показывающее реальное положение дел: «…на семь галер требуется семь попов и на сто бригантин 3 попа, а налицо состоит только два».
Священнослужителей катастрофически не хватало для удовлетворения потребности в них армии и флота. Это подтверждает «Инструкция или Артикулы военные Российскому флоту», утвержденная Петром I в апреле 1710 года. В ней определен порядок организации богослужений на кораблях и предусматриваются конкретные наказания за его нарушения. Но обязанности по организации богослужений возлагаются не на корабельного священника, а на командира, который «по вся утры и вечеры на своем корабле или кораблях имеет Господу Богу молиться».
Потребность в священнослужителях для флота и армии постоянно росла. В апреле 1717 года Петра I требовал «в российском флоте содержать на кораблях и других военных судах 39 священников». Кроме флота к этому времени была создана мощная армия. В 1710 году в состав только полевой армии входило 33 кавалерийских, 47 пехотных и 5 гренадерских полков, для которых требовались священники. Но, кроме того, они полагались по штату крепостям, некоторым гарнизонным и иррегулярным частям, верфям, госпиталям
Первое время создаваемый институт военного и морского духовенства существовал в России без четкого определения его функций и задач. Должностные обязанности и права военных священников были законодательно закреплены только в 1716 году «Уставом воинским». В соответствии с ним при командующем армией вводилась должность обер-полевого священника, являющегося священноначальником для духовенства входящих в армию воинских частей.
В Уставе были определены требования к обер-полевому священнику, его обязанности и права: «Оный имеет управление над всеми полевыми Священниками. Буде чрезвычайное какое моление, или торжественный благодарный молебен при войске имеет отправлен быть, то долженствует он прочим полковым Священникам по указу командующего Генерала приказать: како при каждом полку оныя отправлять. Когда ссоры и несогласия между полковыми Священниками произойдут, тогда должен он оных помирить и наставлять их к доброму житью, паче же сам он в достоинстве чина своего учен, осмотрителен, прилежен, трезв и доброго жития должен быть…».
На флоте в этот период привлекали для службы на боевых кораблях священнослужителей из числа черного духовенства — иеромонахов (в основном из Александро-Невского монастыря). Это было связано с тяжелыми условиями службы на кораблях, а также с категорическим нежеланием идти на флот белого духовенства, имеющего семьи. При подготовке «Морского устава», утвержденного в 1720 году, Петр I все это учел и ввел священноначальственную должность обер-иеромонаха флота. Обязанности и права флотского духовенства закрепили «Пункты о Иеромонахах, состоящих при флоте».
В практически неизменном виде военное и флотское духовенство просуществовало целое столетие. До конца XVIII века оно подчинялось обер-полевым священникам и обер-иеромонахам флота только в период походов и военных кампаний. Все остальное время военное и морское духовенство подчинялось епархиальным властям по месту дислокации воинских частей. Император Павел I, стремившийся во всех структурах государства ввести четкую иерархию подчиненности, обособил военное духовенство от епархиального, создав для руководства им особый орган во главе с обер-священником.
Созданное Петром I в начале XVIII века, военное духовенство органично вошло в структуру российской армии и флота, внеся свой вклад в славные победы русского оружия.