Если до 1938 г. хотя бы существовала видимость регулирования государственной политики в сфере религии Комиссией по культовым вопросам при Президиуме ЦИК СССР, то затем она была ликвидирована и официального органа, координирующего связь государства с религиозными объединениями, в стране не стало. Единственным органом, занимающимся религиозными проблемами, был спецотдел НКВД, естественно, что его деятельность носила откровенно репрессивный характер.
В тяжелейших условиях церковь смогла выжить благодаря преданности своей паствы и мученическому подвижничеству духовенства. Отношение государства к церкви начало меняться с началом Великой Отечественной войны, когда православное духовенство призвало всех верующих к решительному отпору агрессорам.
Уже в первые дни войны митрополит Ленинградский Алексий обратился к верующим: «Война есть страшное и гибельное дело для того, кто предпринимает ее без нужды, без правды, с жаждою грабительства и порабощения; на нем лежит позор и проклятие неба за кровь и бедствие своих и чужих. Но война — священное дело для тех, кто предпринимает ее по необходимости, в защиту правды, Отечества. Берущие оружие в таком случае совершают подвиг правды и, приемля раны и страдания, и полагая жизнь свою за однокровных своих, за Родину, идут вслед мучеников к нетленному и вечному венцу».
К моменту встречи со Сталиным патриарший местоблюститель Сергий 23 раза обращался с посланиями пастве, в том числе со специальными посланиями к верующим, находящимся на временно оккупированных территориях. В них Сергий всячески подчеркивал, что всем верующим надо помнить «не о личных опасностях, а о священном долге перед Родиной и верой».
В эти годы Православная церковь заметно активизировала международную антифашистскую и миротворческую деятельность. Чтобы аргументированно показать верующим и международной общественности свою непримиримую позицию по отношению к фашизму, она издала несколько книг, в том числе: «Правда о религии в России» (1942 г.) и «Русская православная церковь и Великая Отечественная война» (1943 г.). В них «красной нитью» проходит мысль, высказанная Патриаршим местоблюстителем Сергием в первые дни войны: «Не было того и не будет, чтобы наш православный народ из страха перед нашествием инопоклонников малодушно изменил своим лучшим историческим заветам и без борьбы предал и свою землю, и свою будущую судьбу на произвол заклятому врагу».
По всей стране в церквах шел сбор средств в фонд обороны, приходы брали шефство над госпиталями. Всего было собрано более 300 миллионов рублей, построена танковая колонна им. Дмитрия Донского (40 боевых машин), несколько авиаэскадрилий. Многие священники становились участниками подполья и партизанской борьбы.
Патриотическая деятельность церкви привела к «смягчению» государственной вероисповедной политики. Сталин решил встретиться с церковными иерархами и по возможности оказать им помощь. По воспоминаниям
Встреча продолжалась около двух часов. Карпов вспоминал, что, открывая встречу, «Сталин сказал, что Правительство Союза знает о проводимой ими патриотической работе в церквах с первого дня войны, что Правительство получило очень много писем с фронта и из тыла, одобряющих позицию, занятую церковью по отношению к государству». Затем он предложил митрополитам высказать свои нужды. Удивительно, но практически все просьбы, высказанные митрополитами, Сталин решил удовлетворить, а ведь они касались кардинального изменения религиозной жизни в стране: проведение архиерейского Собора и избрание патриарха, создание Синода, организация богословских курсов, строительство новых церквей и восстановление имеющихся, возвращение из тюрем, лагерей и ссылки священнослужителей, предоставление им права свободного проживания и передвижения внутри страны, издание журнала Московской патриархии
После встречи в Кремле события развивались стремительно. На следующий день официальное сообщение о прошедшей встрече и предстоящем избрании патриарха было опубликовано в газетах и прозвучало по радио. Как и планировали, 8 сентября в Москве начал свою работу Собор епископов, на который прибыло 19 архиереев: 3 митрополита, 11 архиепископов и 5 епископов. Митрополит Сергий (Страгородский) был избран патриархом Московским и всея Руси. В следующем месяце постановлением Совета народных комиссаров был образован Совет по делам Русской Православной церкви и аппарат его уполномоченных на местах, которые формально уже работали с сентября.
Осенью 1943 года произошло заметное оживление религиозной жизни в стране, не коснулось оно только военных структур, так как система коммунистического воспитания военнослужащих не допускала самой возможности их контактов с духовенством. Для представителей церкви практически единственной официальной возможностью встретиться с военнослужащими были торжественные мероприятия по передаче РККА, построенных на собранные церковью деньги танковых колонн и авиационных эскадрилий, а также передача подарков воинам.
Несмотря на то, что церковь активно поддерживала государство, в том числе и на международной арене, после окончания войны отдельные «послабления» в отношении церкви стали постепенно отменяться, особенно это касалось строительства церквей, создания приходов, финансово-экономической деятельности.
Новое возрождение религиозной жизни в стране началось во второй половине 80-х годов, когда руководство СССР вынуждено было отказаться от жесткого контроля за деятельностью религиозных организаций, от политики подавления религии и всеобщей атеизации.