Сам Михаил Васильевич не стремился к трону, и еще чуть раньше, когда рязанская делегация вручила М.В.Скопину-Шуйскому послание с призывом занять трон, он ее задержал под арестом, а потом отпустил, и ничего о том не сказал Василию Шуйскому.
А Москва гудела, ликовала, чествовала героя. Русские люди открыто говорили, что надобно низложить Василия и избрать царем Михаила. Подозрительному монарху и завистливому его брату Дмитрию это было не по душе. По городу пронесся слух, что народному любимцу несдобровать. Швед Делагарди, с которым вместе освобождал русские города М.В.Скопин-Шуйский, советовал покинуть Москву. Но тот проявил беспечность, столь удивительную при его государственной мудрости и полководческой проницательности.
Князь пережидал в столице распутицу, чтобы двинуться на армию Сигизмунда под Смоленском. Его наперебой звали в гости бояре, и он никому не отказывал. Наступил роковой день 9 апреля (по старому стилю). На пиру по случаю крестин в доме Ивана Михайловича Воротынского тетка Михаила и его крестная мать, а также кума, что была женой Дмитрия Шуйского и дочерью Малюты Скуратова, подала ему кубок с медом, поскольку гость отказывался от вина и пива.
Приняв подношение и осушив кубок, он расцеловал, как и положено, Екатерину Шуйскую и тут же упал, носом пошла кровь. Слуги отнесли хозяина домой, где он провел две недели в бреду и лихорадке, а затем скончался. Василий Шуйский лил слезы над гробом и велел с почетом похоронить усопшего в Архангельском соборе, но не в царской усыпальнице, а в новом приделе.
Вот как описывает похороны Н. Костомаров: «Гроб Михаила Васильевича несли товарищи его подвигов. За ним следовали вдовы, сестры и матери убитых в бою. Они поддерживали мать и вдову Скопина, которые лишились памяти и чувств от горя. Был тут и царь Василий, разливался в слезах и вопил. Ему не верили…»
Россия потеряла великого сына. Современники, включая врагов, отмечали его ум, «зрелый не по летам», силу духа, приветливость и обходительность. Смерть Михаила Васильевича привела к новым беспорядкам в стране, приблизила и окончание царствования Василия Шуйского. Не прошло и трех месяцев, как он был насильно пострижен в монахи.