Существует несколько версий легенды, созданных в разные века. В некоторых из них даже не указывается имя женщины, ставшей папой. Единственное, что чаще всего совпадает в различных вариантах, это то, что папесса была разоблачена после рождения ею ребенка. Любопытно, что самая распространенная версия была создана в самом Ватикане. Папский капеллан и пенитенциарий (исповедник) Мартин Поляк, живший в середине XIII века, написал «Хронику пап и императоров», в которую поместил пространный рассказ и об папессе Иоанне. «Хроника» имела широкое распространение, в большинстве её вариантов (в самых древних — во всех) существует описание судьбы папессы, различающееся только концовкой.
В обобщенном виде судьба этой удивительной женщины выглядит так. В середине IX века в Афинах появилось двое молодых людей, старательно занимавшихся теологией и философией. Они вели праведный образ жизни, и все время посвящали только учебе и молитвам. Один из них, наиболее преуспевающий в учебе, был женщиной, но об этом не знал никто, кроме её друга. После окончания учебы их пути разошлись. Переодетая мужчиной женщина отправилась в Рим, где вскоре стала преподавать теологию и другие науки и прославилась ученостью, эрудицией и праведностью жизни. После смерти в 855 году папы Льва IV эта женщина под именем Иоанна из Майнца была избрана папой и занимала святой престол 2 года, 5 месяцев и 3 дня. Возможно, она бы руководила церковью и дальше, но, забеременев от одного из своих приближенных, она родила ребенка прямо во время шествия к Латерану от собора святого Петра. Во время родов она умерла и была похоронена на том месте, где все это произошло. Впоследствии римляне на месте её смерти поставили часовню в память о папессе, славившийся мудростью и добротой. После этого папы стали избегать этой дороги. С того времени при проведении процессий с участием пап выбирают такой путь, чтобы не пересечь место смерти легендарной папессы.
В нескольких вариантах «Хроники» Мартина Поляка судьба папессы описывается менее трагично. После рождения сына она была низложена и отбывала епитимью в одном из монастырей, где продолжала пользоваться большим почетом. Её сын, унаследовав от матери религиозность и тягу к знаниям, со временем стал епископом. После смерти от старости Иоанна была похоронена сыном, но место нахождения могилы осталось неизвестным или было специально утаено.
Сюжет жизни и смерти папессы оказался столь интригующим, что его стали широко использовать и светские, и религиозные писатели. Появились новые подробности жизни легендарной женщины. Оказалось, что в девичестве папессу звали Агнессой или Гильбертой. Её отец был миссионером, отправившимся из Англии, чтобы обращать в христианство языческие племена германцев. В Майнце он и прижил девочку, чья мать вскоре умерла. Девочка сопровождала отца в миссионерских поездках. Её с детства отличала прекрасная память и красноречие, она могла наизусть цитировать большие фрагменты Библии, а её проповеди перед простыми людьми, хоть и были в чем-то по-детски наивными, пользовались большой популярностью. Когда девочка начала превращаться в девушку, она стала носить мужскую одежду, чтобы не подвергаться домогательствам мужчин. После смерти отца она так и продолжила играть роль юноши, изучающего теологию. Дальнейшее описание её судьбы у различных авторов примерно совпадает с классическим вариантом Мартина Поляка.
В последующем судьба папессы вызывала интерес и у серьезных писателей. Не избежал этой темы и
Существовала ли на самом деле папесса Иоанна, не так уж теперь и важно. Эта легенда уже давно живет своей собственной жизнью.