Одновременно с пошлиной на соль было разрешено употребление табака, за что при Михаиле Федоровиче, еще совсем недавно, резали носы.
Ненавистный народу соляной налог был отменен в 1648 году в честь царского бракосочетания. Но дорвавшиеся до власти новые небогатые родственники царя тут же с невероятной жадностью принялись обогащаться. Особенно ненавистными стяжателями стали подручные Морозова, являющиеся родственниками Милославского, — судья Земского приказа Леонтий Плещеев и руководитель Пушкарского приказа Петр Траханиотов, которые брали огромные взятки. Плещеев обирал приходивших к нему судиться, завел шайку доносчиков, которые ложно обвиняли людей, тех арестовывали и требовали взятки за освобождение. Траханиотов жестоко обращался с подчиненными, удерживал их жалованье.
Морозов для пополнения казны, кроме соляной пошлины, ввел «казенный аршин» с царским орлом, который все обязаны были покупать, платя в 10 раз дороже его стоимости, и при измерениях пользоваться только им.
Никакие жалобы до царя не доходили, все челобитные попадали к Морозову. Народ больше не мог терпеть издевательств Морозова и его соучастников. Когда 25 мая 1648 года царь возвращался из Троицы, толпа остановила его, и кто-то схватил за узды коня. Собравшиеся кричали, требовали, чтобы царь выслушал их, жаловались на Морозова, Плещеева, Траханиотова и других пособников правителя. Царь от неожиданности испугался, но затем, обратившись к стоявшим вокруг него, сказал, что не сердится на них, во всем разберется, учинит правый суд, и попросил спокойно разойтись по домам. Народ благодарил государя, желал ему долгого здравия.
А в это время подоспели люди Плещеева и плетьми начали разгонять собравшихся. Обидчики, закиданные камнями, вынуждены были укрыться в Кремле. Народ бросился за ними и потребовал выдать на расправу Плещеева. К толпе вышел Морозов, но ему не дали говорить. Боясь расправы, правитель удалился во дворец.
Взбунтовавшиеся горожане направились к дому Морозова, ворвались внутрь и все переломали, из сундуков выбросили дорогие одежды, меха, драгоценности; в подвалах разломали бочки с винами и медами, ходили по колено в вине; упившись, многие тут же умерли.
Анне, жене Морозова, которая тряслась от страха, сказали, что если бы она не была сестрой царицы, то её изрубили бы на куски. Несколько человек, которые вздумали оказать сопротивление, были перебиты.
Народ разгромил дома Плещеева, Траханиотова и других ненавистных им лиц. Дьяк Назар Чистов, участвовавший во введении соляной пошлины, когда к нему ворвались в дом, залез под веники, но был найден и палками забит до смерти.
Чтобы успокоить народ, царь отдал на расправу Плещеева, которого тут же растерзали. Так начался знаменитый Соляной бунт, распространившийся на многие города России.
26 мая 1648 года в Москве народ бросился к Кремлю с требованием выдать им Морозова и Траханиотова. Царь решился пожертвовать Траханиотовым и спасти своего дядьку-воспитателя Морозова. Однако Траханиотова нигде не нашли. Оказалось, что он бежал, лиходея отыскали лишь под Троицей. По приказу Алексея Михайловича ему отрубили голову.
Днем в Москве начался пожар, быстро распространившийся по городу. Вбегавшие в горящий кабак люди шапками, рукавицами, сапогами черпали из разбитых бочек вино. Многие перепились и задохнулись от дыма. К вечеру пожар прекратился.
В угоду народу были смещены некоторые лица, навлекшие гнев москвичей. Морозова на время отправили в Кирилло-Белозерский монастырь. Продажу табака запретили, а то, что уже было приготовлено для торговли от казны, велено было сжечь.
26 октября 1648 года Борис Морозов вернулся в Москву, пробыв в изгнании пять месяцев. Не занимая никаких постов, он продолжал влиять на политику и оберегал своего воспитанника вплоть до своей смерти в 1661 году, на 71-м году жизни.