Проведённые им бои стали классикой военного искусства. В ноябре в небе Югославии, возглавляя четвёрку Ла-5, Скоморохов получил задание прикрыть наступавшие наземные войска, которые атаковало несколько десятков FW-190. На виду у тысяч наших солдат четвёрка врезалась в строй «фокке-вульфов», разметала его и вынудила немцев освободиться от бомбового груза, не долетев до нашей передовой. В течение 10 секунд Николай сбил два самолёта противника. За этот бой он был награждён орденом Александра Невского.
К концу 1944 года Скоморохов, совершивший 483 боевых вылета, проведший 104 воздушных боя и сбивший лично 25 самолётов противника (в том числе 17 истребителей) и 8 в группе, а также уничтоживший на земле 3 вражеских самолёта, 13 повозок с боеприпасами, 1 склад с горючим и 9 железнодорожных вагонов, был представлен к награждению званием Героя Советского Союза.
В представлении на награждение командир полка Онуфриенко написал: «В воздушных боях Николай Михайлович нетороплив, но решителен, расчётлив и хладнокровен. Требователен к себе и подчинённым. Пользуется исключительным авторитетом среди всего личного состава полка. В боевой работе не знает усталости».
Золотую Звезду Н. Скоморохову вручили в Кремле в канун очередного дня Советской Армии — 22 февраля 1945 года.
Война шла на запад, но от этого менее опасными воздушные бои не становились. Гибли боевые товарищи, и лишь один Скоморохов был как заговорённый. Это невероятно, но до последнего дня войны лётчик, совершивший 605 боевых вылетов, проведший 143 воздушных боя, в которых лично сбил 46 и в группе ещё 8 самолётов противника, выполнивший более 100 разведочных полётов по ту сторону линии фронта, сам ни разу не был сбит и не потерял ни одного ведомого. Мало того, он не был ни разу ранен, а его самолёт в боях не получил ни одной пробоины, и только от обстрела вражескими зенитками один раз немного пострадал.
16 января 1945 года капитан Скоморохов в паре вылетел на свою любимую «свободную охоту». Северо-западней Будапешта лётчики встретили в воздухе 16 транспортных самолётов Ju-52, которых прикрывали 38 (!) истребителей Ме-109. Двое против 54! Такого ещё не знала история Второй мировой. Для непосвящённых результат боя ошеломителен, но для тех, кто хорошо знал Скоморохова, вполне предсказуем: ведущий лично сбил два Ju-52 и один Ме-109, ведомый — ещё два самолёта противника. Оставшиеся немцы, беспорядочно сбросив бомбы, убрались подобру-поздорову.
Последнюю победу Николай Скоморохов одержал 25 апреля 1945 года в небе Австрии, когда он, демонстрируя молодым пилотам мастер-класс, изящно, без суеты расправился с очередным «фокке-вульфом». Молодёжь наблюдала за боем, так же открыв рты, как в своё время сам Скоморохов с удивлением смотрел на первый сбитый в его присутствии фашистский самолет. Тогда отличился его командир капитан Дмитриев, теперь наступила очередь демонстрировать класс самому Николаю.
18 августа 1945 года Николай Михайлович Скоморохов за боевые заслуги, проявленные при освобождении Венгрии и Австрии, за 520 боевых вылетов и 35 лично сбитых к марту 1945 года самолётов противника был награждён второй Золотой Медалью Героя Советского Союза.
За годы войны Н. Скоморохов прошёл все ступеньки авиационной карьеры от пилота (младшего сержанта), старшего пилота, командира звена и заместителя командира эскадрильи до командира эскадрильи (капитана).
За его плечами были оборона и освобождение Кавказа и Кубани, освобождение Украины, Молдавии, Румынии, Болгарии, Югославии, Венгрии, Чехословакии и Австрии. Первый мирный послевоенный день капитан Скоморохов встретил в Вене.
Задумываться над своей дальнейшей судьбой ему не пришлось, всё за него было решено. Последовал приказ: «Учиться». И вот 23-летнему боевому лётчику пришлось сесть за парту в качестве слушателя Военной академии имени
В 1956 году Николай Михайлович поступил в Военную академию Генерального штаба, которую окончил с отличием и Золотой медалью в 1958 году. После окончания Академии он был назначен вначале заместителем, а затем и командиром 71-го корпуса 24-й воздушной армии в Группе Советских войск в Германии. За время службы в Германии Скоморохову последовательно присваивают: в 1959 году, когда ему исполнилось 39 лет, очередное воинское звание генерал-майора, а в 1966 году — генерал-лейтенанта.
В апреле 1968 года его назначают командующим 69-й воздушной армией Киевского военного округа. Именно в этой армии, в военные годы носившей номер 17, мужал во время Великой Отечественной войны молодой пилот, младший сержант Скоморохов, именно там оттачивал своё мастерство дважды Герой Советского Союза капитан Скоморохов. И вот питомец этой, одной из наиболее отличившихся в суровые военные годы Воздушной армии, вернулся в родной дом. Вернулся командующим, добавив к двум Золотым Звездам на груди две большие золотые звезды на погонах. В 1972 году он стал генерал-полковником.
Приняв командование армией, Скоморохов потратил много усилий на восстановление истории её создания и изучение боевого пути соединения. Ему удалось добиться возвращения армии её общевойскового номера «17-я ВА», что было закреплено приказом Министра обороны СССР в 1972 году. Под руководством командующего армией генерала Скоморохова была подготовлена к печати и в 1972 годы издана книга «17-я воздушная армия в боях от Сталинграда до Вены».
Впереди была долгая и успешная жизнь крупного советского военоначальника.