Генрих родился 6 января 1822 года в небольшом немецком городке Нойбуков, где его отец был священником в протестантском приходе. После смерти матери юному Генриху пришлось уехать из дома. Сначала он учился в гимназии, а затем отец пристроил его учеником к бакалейщику. Шлиман рано понял, что реальной помощи от отца, который присвоил деньги, завещанные детям матерью, ждать не приходится. Тяжелый труд в бакалейной лавке вряд ли доставлял ему удовольствие. Единственной отдушиной были поздние вечера, когда можно было уйти от забот, погрузившись в мир Древней Греции. С детства его любимой книгой была «Илиада», которую он знал практически наизусть.
Стоит отметить, что о юности Шлимана известно в основном с его слов, а он зачастую любил и приукрасить действительность. Когда юноше исполнилось 18 лет, он оставил бакалейную лавку и ушел искать собственную судьбу. Какое-то время перебивался временными заработками, а в 1841 году завербовался в Гамбурге юнгой на шхуну «Доротея», которая отправлялась с товарами в далекую Венесуэлу. Но морская карьера оказалась короткой, через две недели шхуна попала в шторм недалеко от берегов Голландии и затонула. Купание в ледяной воде не прошло бесследно, выжившие моряки оказались в госпитале, а затем, получив небольшую денежную помощь, разбрелись по Голландии.
В этой истории не обошлось без вымысла. Сохранился список экипажа затонувшей шхуны, но Шлимана в нем нет. Не исключено, что он мог быть пассажиром или же просто воспользовался информацией о кораблекрушении, чтобы придать истории появления в Голландии романтический ореол. Шлиман на самом деле был подобран изрядно помятым или избитым на берегу (похоже, что его просто ограбили) и после лечения решил осесть в Амстердаме, нанявшись посыльным в торговую контору.
В этот период у Генриха появилась страсть к изучению иностранных языков. Трудно сказать, чего у юноши было больше — природной способности или колоссальной целеустремленности и работоспособности. Вскоре он уже уверенно владел голландским, английским, французским, испанским, итальянским, португальским, шведским и даже русским языками.
Шлиман оставил место посыльного и устроился в другую торговую копанию, но уже приказчиком. Благодаря знанию языков он вскоре «выдвинулся», и компания отправила его в 1846 году в Россию, но уже в качестве компаньона. В Петербурге Шлиман не только успешно представлял амстердамскую торговую компанию, но и завел собственное дело. Всего за несколько лет он стал миллионером, был принят в купеческую гильдию и женился на сестре богатого русского купца Екатерине Лыжиной.
В семье родилось трое детей, но отношения с супругой у Генриха не складывались, чересчур уж разными людьми они оказались. Когда появилась возможность уехать в Америку, где на золотых приисках умер его брат, Шлиман не раздумывал. Он принял гражданство США, открыл в Калифорнии небольшой банк и вскоре удвоил свое состояние. Стоит отметить, что, занимаясь коммерцией, Шлиман не особо оглядывался на законы, не брезговал и контрабандой. Он солидно пополнил свои капитал в годы Крымской войны, занимаясь военными поставками.
Но коммерческая деятельность все больше тяготила Шлимана, и он решил отойти от дел и заняться выполнением юношеской мечты — путешествиями по миру и поиском легендарной Трои. Генрих свернул дела в России, оставив определенный капитал супруге и детям, а сам отправился путешествовать. Начал он с городов Средиземноморья, попутно изучая местные и древние языки. Затем последовал длительный вояж на Восток. Шлиман с увлечением путешествовал по Индии, Яве, Китаю и Японии, где осматривал древности и знакомился с самобытной культурой.
Вернувшись из дальних стран, Шлиман поселился в Париже, где стал посещать лекции в Сорбонне. Особенно его интересовали археология и история Древней Греции. От любительства он перешел к серьезным занятиям наукой, выдвинул теорию, что легендарная гомеровская Троя располагалась в Малой Азии на холме Гиссарлык, и получил докторскую степень. Кстати, с ученой степенью не все чисто, так как высшего образования Шлиман не имел. Доктором философии и изящных искусств он стал в Ростокском университете, получив степень за два печатных труда, которые научными можно назвать с большой натяжкой. Видимо, основным аргументом стали не эти труды, а деньги.
В этотпериод Шлиман решил снова жениться. Получение развода в России было делом хлопотным и малоперспективным, поэтому он оформил развод в США, гражданином которых был с 1850 года. При разводе не обошлось без подложных документов и лжесвидетельств. Вскоре разгорелся скандал. По российским законам он стал двоеженцем, так как заочный развод за границей в России не признавался. Чтобы замять дело, Шлиман вынужден был отписать санкт-петербургской супруге дом в столице и обязался выплачивать ей до конца жизни содержание в 4 тыс. рублей ежегодно.
В 1870 году Шлиман переехал в Грецию, где женился на молоденькой гречанке. А затем в течение трех лет занимался раскопками Трои. Его предположения полностью подтвердились. Он не только нашел остатки Трои, но и множество предметов далекой эпохи, включая массу золотых украшений, которые контрабандой вывез в Европу. В 1874 году он опубликовал подробный отчет о раскопках, назвав его «Троянские древности».
Воодушевленный успехом, Шлиман отправился на раскопки в Микены, где в 1876 году нашел гробницы микенских царей, а также несколько килограммов золотых украшений. В последующие годы он неоднократно возвращался к раскопкам в Трое, вел археологические исследования в Орхомене — городе, о котором писал Гомер, и в ряде других мест. Несмотря на сенсационные находки и мировую известность, его отношения с ученым миром были сложными. Многие археологи считали, и не без основания, что при раскопках Шлиман уничтожал целые археологические слои, если в них, по его мнению, не было ничего, что могло стать сенсацией. Кстати, оказалось, что он «прокопался» сквозь гомеровскую Трою, приняв за неё более древнее поселение, что было выяснено позднее при скрупулезных археологических исследованиях.
Умер Генрих Шлиман в Неаполе 25 декабря 1890. Его грехи и грешки, свойственные многим удачливым коммерсантам, давно забылись. В истории же он навечно останется как человек, нашедший Трою, сокровища микенских царей и заставивший всю Европу увлечься археологией.