Приказав капитану Кларку перекрыть выход из бухты гавайским каноэ, капитан в сопровождении офицера и девяти вооружённых матросов сошёл на берег, чтобы пригласить короля аборигенов на борт «Резольюшена», а затем удерживать там, пока туземцы не вернут лодку. Добровольно или же силой, но короля доставили на берег к шлюпкам. Внезапно среди гавайцев прошёл слух о том, что убит один из вождей, пытавшийся выйти из бухты на своём каноэ. Куку пришлось отпустить короля, капитан уже понял, что его затея провалилась — залпы с кораблей, которые слышал и мореплаватель, послужили началом войны.
О произошедших затем драматических событиях до последнего времени рассказывали картины Джона Веббера и многочисленные гравюры, на которых Джеймс Кук — образец чести и мужества, отдаёт приказ прекратить огонь по нападающим туземцам, желая добиться мира без кровопролития. Но недавно найденная в графстве Суффолк картина меняет представление о последних минутах жизни капитана: на ней Кук вместе с моряками отчаянно отбивается от наседающих аборигенов. Эта акварель, как было установлено экспертами, принадлежит кисти Джона Кливли, который восстановил сюжет с рисунков своего брата, бывшего плотником на «Резольюшене».
Как бы то ни было, Кук погиб, развернувшись к обезумевшим гавайцам спиной. Капитан, оглушённый дубиной, упал в воду, где и получил смертельное ножевое ранение. Мы никогда в точности не узнаем, что же всё-таки произошло на берегах живописной бухты, но хочется верить, что капитан Джеймс Кук, достойно проживший жизнь, погиб, как и подобает настоящему офицеру.
Капитан Кларк, принявший командование над экспедицией, потребовал у аборигенов тела Кука и четырёх погибших вместе с ним матросов. Но туземцы тело капитана не вернули. Как стало известно позже, они и не могли этого сделать, но вовсе не потому, что отважного мореплавателя съели туземцы-каннибалы. Дело в том, что по древним островным обычаям умерших людей, занимавших в обществе высокое положение, разделывали, отделяя кости от плоти, чтобы затем связанный верёвками скелет захоронить. Кук — живое воплощение бога Лоно, и, наверняка, с его телом поступили именно таким образом. Считалось, что кости могучего белого вождя обладают невероятными свойствами, а потому части тела капитана разделили между верховными вождями.
Несмотря на то, что дикое обращение аборигенов с телом Кука стало поводом для кровавой бойни, устроенной моряками, узнавшими о злодеянии, в понимании гавайцев великому при жизни капитану были оказаны великие почести и после смерти. В результате карательной экспедиции, когда англичане жгли селения и уничтожали попадавшихся на пути гавайцев, один из вождей вернул мореплавателям часть останков капитана, которые были похоронены в океане 21 февраля 1779 года. Капитан Кук нашёл покой там, где и положено бесстрашному морскому волку — в водах океана.
Капитан Кларк, после гибели Кука вновь попытался найти злополучный северо-западный проход, но и его попытка оказалась безуспешной, а к тому же трагической — он умер от туберкулёза и был похоронен рядом с русским Петропавловском. Потеряв обоих командующих, корабли вернулись в Англию, были переоборудованы и направлены на войну с американскими колониями.
Адмиралтейство, потеряв одного из лучших своих мореплавателей — Джеймса Кука, не уделило должного внимания последним открытиям капитана, но, к счастью, не забыло позаботиться о вдове Элизабет Кук. Бедной женщине, которой даже не удалось попрощаться с мужем, назначили ежегодную пенсию и право получать половину прибыли от продажи книг Джеймса Кука. Семье Куков пожаловали фамильный герб, но, к сожалению, все шесть детей мореплавателя умерли в молодом возрасте, и законных наследников у Кука не осталось.
О великом мореплавателе и его открытиях будут всегда напоминать не только географические объекты имени Кука, но и монеты. В разные времена профиль Джеймса Кук красовался на новозеландском долларе, пятидесяти пенсах острова Святой Елены и пятидесяти центах Австралийского союза, на необычной монете номиналом в семь с половиной долларов с островов Кука и даже на монетах республики Замбия.