В 1813 году его картина «Умирающий Геркулес» была удостоена золотой медали Лондонской королевской академии художеств.
В 1815 году он возвратился в Америку, где стал признанным художником. В течение 15 лет он активно занимается живописью. Его кисти принадлежат много портретов людей того времени, в том числе его друзей — героя Американской войны за независимость маркиза Лафайета и романиста Фенимора Купера
. Его кисти принадлежит знаменитый портрет президента США Джеймса Монро.В 1825 году Морзе основал американское общество живописцев, которое впоследствии стало называться Национальной академией рисунка. В качестве его президента, он в 1829 году вновь поехал в Европу для приобретения организационного опыта и дальнейшего изучения живописи.
В 1832 году он возвращается домой на парусном пакетботе «Сэлли». Один из пассажиров продемонстрировал модные тогда электрические опыты, описанные в книге Фарадея «Извлечение искр из магнита». Морзе, как художник, сразу предположил, что различные комбинации искр могут быть использованы для передачи сигналов. Идея изобретения настолько увлекла его, что за месяц путешествия, не будучи физиком, он набросал несколько схем таких устройств.
В следующие три года он забрасывает живопись и занимается разработкой телеграфных аппаратов. Живёт только на жалование профессора живописи и скульптуры Нью-Йоркского университета. Он советуется с известными физиками того времени, в частности, с Джозефом Генри, чьим именем сейчас названа единица индуктивности. Интересно, что 40 лет спустя престарелый Генри консультировал учителя глухих детей Александра Белла, который изобрёл телефон.
Постепенно Морзе приобретает партнёров и создаёт и патентует в 1836 году работоспособную модель телеграфного аппарата.
Изобретатель давно отошёл от поразившей его когда-то идеи использовать образные комбинации искр. Созданный аппарат чертил на ленте точки и линии, в зависимости от продолжительности нажатия на телеграфный ключ. Поэтому Морзе пришлось разрабатывать специальный код, в котором буквы, цифры и знаки препинания обозначались точками и чёрточками разной длины. Именно разной длины — современные телеграфные точки и тире были введены гораздо позднее. Но называются они всё равно
Система телеграфа, придуманная Морзе, оказалась намного удачнее и проще в эксплуатации, чем другие, имеющиеся к тому времени. В течение последующих лет Морзе и его партнёры вели обычную борьбу с чиновниками за внедрение телеграфа. А позднее и судились за свои права. Только после 1851 года были оценены преимущества «аппарата Морзе», и с тех пор он введён во всеобщее употребление.
Умер Сэмюэл Морзе 2 апреля 1872 года в богатстве и почёте.