В 1813 году его картина «Умирающий Геркулес» была удостоена золотой медали Лондонской королевской академии художеств.
В 1815 году он возвратился в Америку, где стал признанным художником. В течение 15 лет он активно занимается живописью. Его кисти принадлежит много портретов людей того времени, в том числе его друзей — героя Американской войны за независимость маркиза Лафайета и романиста Фенимора Купера. Его кисти принадлежит знаменитый портрет президента США Джеймса Монро.
В 1825 году Морзе основал американское общество живописцев, которое впоследствии стало называться Национальной академией рисунка. В качестве его президента, он в 1829 году вновь поехал в Европу для приобретения организационного опыта и дальнейшего изучения живописи.
В 1832 году он возвращается домой на парусном пакетботе «Сэлли». Один из пассажиров продемонстрировал модные тогда электрические опыты, описанные в книге Фарадея «Извлечение искр из магнита». Морзе, как художник, сразу предположил, что различные комбинации искр могут быть использованы для
В следующие три года он забрасывает живопись и занимается разработкой телеграфных аппаратов. Живёт только на жалованье профессора живописи и скульптуры Нью-Йоркского университета.
Он советуется с известными физиками того времени, в частности, с Джозефом Генри, чьим именем сейчас названа единица индуктивности. Интересно, что 40 лет спустя престарелый Генри консультировал учителя глухих детей Александра Белла, который изобрёл телефон.
Постепенно Морзе приобретает партнёров и создаёт и патентует в 1836 году работоспособную модель телеграфного аппарата.
Изобретатель давно отошёл от поразившей его когда-то идеи использовать образные комбинации искр. Созданный аппарат чертил на ленте точки и линии, в зависимости от продолжительности нажатия на телеграфный ключ. Поэтому Морзе пришлось разрабатывать специальный код, в котором буквы, цифры и знаки препинания обозначались точками и чёрточками разной длины. Именно разной длины — современные телеграфные точки и тире были введены гораздо позднее. Но называются они всё равно Азбукой Морзе.
Система телеграфа, придуманная Морзе, оказалась намного удачнее и проще в эксплуатации, чем другие, имеющиеся к тому времени. В течение последующих лет Морзе и его партнёры вели обычную борьбу с чиновниками за внедрение телеграфа. А позднее и судились за свои права. Только после 1851 года были оценены преимущества «аппарата Морзе», и с тех пор он введён во всеобщее употребление.
Умер Сэмюэл Морзе 2 апреля 1872 года в богатстве и почёте.