В начале января 1960 года Сталина досрочно по состоянию здоровья освобождают из владимирской тюрьмы, где он отбывал наказание за «антисоветскую пропаганду и злоупотребление служебным положением». Сталин встречается с Хрущёвым, который принял его, как пишет Светлана Аллилуева в своей книге, как «отец родной», что они вместе плакали.
21 января 1960 года приказом МО СССР № 098 Сталину возвращено воинское звание, он увольняется в запас с правом ношения военной формы и пенсией в 3000 (300 новыми деньгами) рублей. Он получает трёхкомнатную квартиру на Фрунзенской набережной в Москве и 30000 рублей (старыми) единовременного пособия. Ему возвращено конфискованное ранее имущество.
Однако уже 16 апреля Сталин вновь арестовывается КГБ «за продолжение антисоветской деятельности». Якобы в посольстве КНР он сделал «клеветническое заявление антисоветского характера». Он вновь лишается всех званий и льгот и помещается в Лефортовскую тюрьму «для отбытия оставшейся части наказания», которое истекло 28 апреля 1961 года.
29 апреля Сталина направляют в ссылку в Казань, куда тогда был запрещён въезд иностранцам. Ему назначают пенсию 150 рублей (уже новыми деньгами) и дают однокомнатную квартиру на улице Гагарина в кирпичном доме, которые сейчас называются «сталинскими». Странно, Хрущёв мог бы поселить его в панельную «хрущёвку», которые тогда в Казани активно строились. Вместе с Василием в Казань переезжает гражданская жена Мария Шеваргина с двумя своими дочерьми.
Василий просит вернуть ему льготы. Часть их ему обещают взамен на принятие фамилии Джугашвили. Пока же он живёт без паспорта со справкой об освобождении из тюрьмы. Сталин соглашается. 9 января 1962 года Ленинский ОВД Казани выдал ссыльному сыну вождя паспорт с фамилией Джугашвили. А ещё через два дня Василий зарегистрировал брак с Марией Шеваргиной и удочерил ее детей. В конце марта они должны были переехать в новую трёхкомнатную квартиру.
Но 19 марта Василий Джугашвили умирает. О причинах смерти есть много публикаций и слухов. Официальная же версия: «общий атеросклероз, на фоне хронической алкогольной интоксикации, острая сердечно-сосудистая недостаточность, эмфизема легких».
В день своего 41-летия, 21 марта 1962 года он был похоронен в дальнем конце казанского Арского кладбища. После его смерти осталось семеро детей — четверо собственных и трое усыновленных.
Мария Игнатьевна Джугашвили с дочерьми вернулись в Москву. 40 лет они безуспешно пытались получить разрешение перезахоронить прах Василия Иосифовича на московское кладбище. И только после смерти Марии Игнатьевны в 2002 году дочерям удалось это сделать. Теперь супруги лежат рядом на Троекуровском кладбище.